Главной причиной, побудившей военные власти судить Идальго и его соратников на месте, не передавая в руки инквизиции, которая обычно вела судебные процессы очень медленно, было желание поскорее расправиться с ненавистными «бунтовщиками». К тому же они боялись, что если везти Идальго в столицу, то по пути следования могут вспыхнуть народные волнения. Основания для таких опасений безусловно имелись, так как весть о захвате в плен руководящего ядра повстанцев быстро распространилась по всей стране, и сторонники независимости решили сделать все возможное, чтобы вырвать Идальго и его товарищей из лап колонизаторов.
Так, в апреле 1811 г. в Мехико возник заговор, возглавляемый отважной женщиной Марианой Родригес дель Торо. Заговорщики намеревались, похитив вице-короля, заставить его отдать приказ об освобождении Идальго и остальных патриотов. Они тщательно разработали план операции и даже назначили день ее проведения. Однако накануне вечером участвовавший в заговоре Хосе Мария Гальярдо рассказал обо всем на исповеди священнику, а тот немедленно доложил властям. Гальярдо тотчас же арестовали и при допросе он выдал сообщников. Некоторых из них схватили в ту же ночь. В числе других в тюрьму были брошены Мариана Родригес с мужем, томившиеся затем в заключении около десяти лет.
Учитывая настроения населения и боясь каких-либо демонстраций с его стороны, бригадир Сальседо перед прибытием пленных в Чиуауа запретил горожанам, когда узников повезут по улицам, собираться группами и иметь при себе оружие.
Следствие и суд велись ускоренными темпами. Все лидеры восставших, за исключением Абасоло, который настойчиво старался умалить степень своего участия в революционном движении, держались мужественно. Идальго вел себя в ходе следствия, происходившего с 7 по 9 мая, спокойно и твердо. Он бесстрашно отстаивал свои взгляды и решительно отвергал все попытки извратить его намерения. После допроса дело Идальго перешло в военный суд, который вынес смертный приговор, утвержденный затем Сальседо. Та же участь постигла Альенде, Хименеса, Хуана Альдаму, брата Идальго — Мариано и других его сподвижников, а также многих рядовых участников восстания. Только Абасоло ценой раскаяния купил себе жизнь. В течение мая-июня в Чиуауа и Монклове были казнены более 300 патриотов.
Утром 29 июля представители церковных властей публично совершили акт снятия с Идальго духовного сана. Его заставили опуститься на колени и одну за другой сорвали одежды священника. Во время этой унизительной для верующего католика церемонии он держался внешне невозмутимо, ничем не выдавая своих переживаний, а потом с таким же спокойствием выслушал прочитанный ему приговор. В ожидании казни Идальго проявил исключительное самообладание и хладнокровие. Он позавтракал, пообедал и поужинал. На стене камеры написал свои предсмертные стихи. В ночь перед казнью крепко спал.
Отважного священника расстреляли утром 30 июля во дворе госпиталя, где его содержали под стражей. По приказу военных властей место казни было оцеплено плотным кольцом войск, а для приведения приговора в исполнение сформировано специальное подразделение численностью около 200 солдат. Идальго вывели из камеры, крепко привязали ружейными ремнями к столбу и завязали глаза. Он стоял с распятием в руках. Большинство людей, присутствовавших при казни, плакало, а у солдат так сильно дрожали руки, что они не сразу смогли попасть в цель. Поэтому после первого залпа Идальго продолжал оставаться на ногах. От сильной боли он согнулся, повязка, закрывавшая глаза, сползла, и Идальго посмотрел на своих палачей, однако не проронил ни слова. Когда прозвучал следующий залп, он, опять раненный, лишь слегка вздрогнул. И после третьего залпа, весь израненный, Идальго был еще жив. Тогда лейтенант, командовавший при расстреле, приказал двум солдатам приставить дула своих ружей к сердцу Идальго и прикончить его.
Труп выставили для всеобщего обозрения, а потом обезглавили.
Головы Идальго, Альенде, Хуана Альдамы и Хименеса были по распоряжению колониальных властей отвезены в Гуанахуато и помещены в железные клетки, установленные для устрашения народа по углам «Алондиги де Гранадитас».