Назначенный после Кара командующим правительственными войсками, действовавшими против восставших, Бибиков вынужден был признать, что «Пугачевские дерзости и его сообщников из всех пределов вышли: всюду посылают манифесты, указы, приводя тем самым в возмущение население». Всем бумагам, как данным от имени «императора Российского», «сасодержавного императора», «великого государя Петра Федоровича», так и «указам его императорского величества самодержавца Всероссийского из Государственной военной коллегии», придавался вид официальных бумаг того времени. Они скреплялись подписями и специальными печатями, которыми повстанцы обзавелись в декабре 1773 г. Печатями в пугачевском войске служили фамильные дворянские и заводские печати, а также печати из серебра и меди, специально сделанные для скрепления манифестов и указов Пугачева и Государственной военной коллегии. Эти печати наряду с внешним оформлением пугачевских бумаг являются подтверждением стремления и самого Пугачева, и лиц, возглавлявших отдельные отряды восставших, придать всем своим действиям законный, государственный характер.
Обязанности, падавшие на Государственную военную коллегию, были многочисленны и разнообразны. Они не были одинаковыми на отдельных этапах войны.
На первом ее этапе, во время осады Оренбурга Главным войском Пугачева, Государственная военная коллегия была штабом и административным центром на территории, освобожденной восставшими, органом снабжения войск и высшей судебной инстанцией. Она занималась распространением призывов и идей восставших, комплектовала войско, ведала казной и имуществом, отобранным у классовых врагов, стремилась установить в войске порядок и дисциплину. Прежде всего надо было начинать с организации Главного войска. Повытчики Государственной военной коллегии и писцы отдельных отрядов стремились завести реестры, т. е. списки личного состава. В реестрах «служивых казаков» кроме имен встречаются указания на то, откуда прибыл тот или иной казак, кто «выбежал из плена», кто «пошел в службу охотно», кто ранен или болен.
Все вступавшие в войско приносили присягу: «Я… обещаюсь и клянусь всемогущим богом, перед святым его евангелием, в том, что хочу и должен всепресветлейшему, державнейшему, великому государю Петру Федоровичу служить и во всем повиноваться, не щадя живота своего до последней капли крови, в чем да поможет мне господь всемогущий».
Присяге придавали большое значение. Кто «моей присяге не верит, тот злодей», — считал Пугачев, — и тем надлежит, как и неприятелям, «головы рубить и пажить (имущество) разделить». Пугачев и Государственная военная коллегия стремились установить и поддерживать в войске строгую дисциплину: за непослушание командирам наказывали плетьми, за дезертирство угрожали смертной казнью и нередко приводили свою угрозу в исполнение, вводили для отлучающихся «отпускные билеты», требовали «вернуть всех отлучившихся без билетов» и т. д.
С мародерством и грабежом боролись решительно. Пугачев говорил: «От меня никакого приказа такого не было, чтоб делать обывателям обиду». За мародерство и убийство по приказу Пугачева был казнен «полковник» Лысов. Кроме наград медалями и крестами Пугачев «жаловал» отличившихся воинов деньгами, одеждой, сукном, а местным жителям, имевшим семьи, раздавал хлеб, соль, деньги.
Главное войско нуждалось в хлебе, мясе, фураже. Государственная военная коллегия взяла на себя организацию снабжения войска всем необходимым. Она установила надежную охрану провианта и фуража, захваченных в крепостях. Более того, некоторые крепости, как, например, Ильинская и Илецкая защита, были взяты главным образом для того, чтобы овладеть большими запасами продовольствия, в них сосредоточенными. Для питания Главного войска, стоявшего у Оренбурга, наладили выпечку хлеба в Сеитовской слободе (Каргале) и в Чернореченской крепости. Каждые два дня в Берде раздавали хлеб — по два каравая на 10 человек. Кроме того, на рынке в Берде хлеб продавался по ценам, установившимся здесь еще до восстания. Сюда же сгоняли скот. Но так как окрестности Оренбурга не могли прокормить Главное войско, начиная с декабря 1773 г. из Берды в разные стороны посылались отряды, которые захватывали хлеб у помещиков и в городах, на воинских складах и заводах. Система обеспечения Главного войска провиантом дала определенные результаты. Даже когда Пугачев вынужден был снять осаду Оренбурга, в Берде, Сакмарском городке и в Чернореченской крепости оставалось много хлеба.
Атаманы отдельных повстанческих отрядов, если не хватало провианта, требовали для своего отряда с населения муку и мясо, овес, сено или переходили на крестьянский «харч», чаще всего «безденежно». Но, если деньги были, они за все расплачивались «по обыкновенной цене». Население охотно снабжало повстанцев провиантом и фуражом, и они, как правило, не испытывали нужды ни в том, ни в другом.