Государственная военная коллегия повстанцев и атаманы отдельных крупных отрядов пытались в ходе Крестьянской войны выработать определенный перечень обязанностей для создаваемых ими органов самоуправления на освобожденной от противника территории. Волостная земская изба должна была заниматься организацией обороны волости от правительственных войск, поддерживать связь с действовавшими на территории волости повстанческими отрядами и оказывать им всемерную помощь в пополнении их личным составом, лошадьми, в обеспечении продовольствием и фуражом, исполнять функции волостного суда, собирать установленные повстанческой Государственной военной коллегией налоги и другие доходы для войсковой казны. В ее обязанности входили связь со всеми освобожденными восставшими населенными пунктами волости, распространение среди населения манифестов и указов Пугачева и его Государственной военной коллегии, выделение из имеющихся казенных средств и поступающих доходов части денег для выплаты жалованья работным людям на заводах, занятых восставшими. Волостная. земская изба была обязана писать для атаманов повстанческого войска специальные рекомендации на кандидатов в командиры отдельных отрядов и, наконец, ведать казною и продажей соли.
Примерно такие же обязанности, только более конкретизированные, возлагались Государственной военной коллегией и атаманами на станичные и заводские земские избы и на деревенских атаманов, есаулов и старост. Они должны были исполнять функции местного суда, разбирать ссоры и «малейшего грабительства и разорения не допускать», проводить народные собрания, выдавать жителям провиант, «смотря по семейству», и пропуска для выезда в другие районы, собирать для повстанцев амуницию, следить за работой кузниц по изготовлению оружия, наблюдать за работой мельниц. Их обязанностью было не допускать «своевольств, грабительств и озорничества» вплоть до наказания плетьми уличенных в неблаговидных поступках, защищать жителей «от обид, налогов и разорений», рапортовать атаманам и полковникам ближайших повстанческих отрядов и в земскую волостную избу о своих действиях, проводить набор в армию восставших среди местных жителей, перехватывать правительственную нарочную почту, правительственных чиновников и разведчиков и пересылать их в Берду, к Пугачеву или к его атаманам, собирать ядра, порох и оружие и передавать в повстанческое войско.
Создавшиеся в ходе Крестьянской войны местные органы власти восставших, обладавшие широким кругом обязанностей и столь же широкими правами, служат подтверждением достаточно смелых попыток со стороны повстанцев расширить восстание и закрепить его успехи в борьбе с правительственными войсками и царскими властями.
Однако повстанцам не удалось создать такие органы самоуправления повсеместно на всей освобожденной территории. Одной из главных причин этой неудачи являлась быстрая текучесть событий, подвижность войска восставших, его неудачи в борьбе с регулярными войсками.
Новые органы повстанческой власти зачастую либо не успевали складываться и развернуть свою деятельность, либо просто уничтожались правительственными войсками, едва успев возникнуть. Но те зачатки государственности, которые создавали повстанцы, сыграли немаловажную роль в Крестьянской войне. Восставшие хотя и не создали каких-то новых форм государственной власти на местах, однако, используя старые формы правления, они насыщали их совершенно новым содержанием, отвечавшим интересам народа.
Дни поражений и неудач пугачевского войска в марте — апреле 1774 г. были днями испытаний и для Государственной военной коллегии. В бою под Татищевой крепостью погиб судья Скобычкин, а после поражения под Сакмарским городком в плен к правительственным войскам попали почти все ее деятели: главный судья Витошнов, судья Шигаев, думный дьяк Почиталин, секретарь Горшков, повытчик Пустоханов. Пропали без вести повытчики Супонов, Герасимов, Григорьев. Сдался в плен Шванович. Уцелел один Творогов, судья Государственной военной коллегии, впоследствии ставший изменником и предателем, выдавший Пугачева правительственным войскам.