Наконец, в 1722 г. надзор за Сенатом стал осуществлять генерал-прокурор Павел Иванович Ягужинский — «око государево». Генерал-прокурор назначал прокуроров, обязанностью которых был надзор за чиновниками и деятельностью учреждений. С 1722 г. при Сенате была учреждена должность генерал-рекетмейстера, которому подавались жалобы на чиновников. При Сенате же действовали генерал-фискал и обер-фискал, которым были подчинены провинциальные и городские фискалы. Они следили за злоупотреблениями чиновников и главным образом за взяточничеством. Но искоренить взяточничество в чиновничье-дворянском государстве было невозможно. Сам обер-фискал Нестеров был публично казнен за взятку.
Петр во время своих частых отлучек оживленно переписывался с «Господами Сенат», как именовал он созданное им высшее правительственное учреждение. Петр внимательно следил за деятельностью сенаторов, требовал от них скорейшего рассмотрения дел и проверки выполнения сенатских указов. Царь помогал сенаторам, но и распекал их за «дела, смеха достойные», жестоко бранил за взяточничество.
Петр писал об обязанностях Сената: «Никому в Сенате не позволяется разговор иметь о посторонних делах, которые не касаются службы нашей, тем менее заниматься бездельными разговорами или шутками, понеже Сенат собирается вместо присутствия его величия собственной персоны».
Создание верховного управления нового типа вызвало необходимость дальнейших преобразований. В 1718 г. были уничтожены Приказы и канцелярии и вместо них учреждены коллегии. Коллегиальное управление привлекало Петра тем, что в «коллегиумах» все дела решаются «сообща», так как «все лучшее устроение через советы бывает». Петр сравнивал «коллегиумы» с часами, в которых колеса взаимно приводят в движение друг друга.
Тремя важнейшими были коллегии: Иностранных дел, Воинская и Адмиралтейская. Затем следовали коллегии, ведавшие финансами страны: Штатс-контор-коллегия, ведавшая расходами; Камер-коллегия, ведавшая сбором доходов; для надзора за ними была учреждена Ревизион-коллегия. Промышленностью ведала Мануфактур-коллегия, горным делом — Берг-коллегия, торговля находилась в ведении Коммерц-коллегии. Судом ведала Юстиц-коллегия, поместными делами — Вотчинная коллегия.
Во главе коллегии стояли президент и вице-президент. В коллегии заседали советники и асессоры. При каждой коллегии была учреждена канцелярия, скрипели перьями секретарь, актуариус, канцеляристы, копиисты. Коллегии возглавлялись близкими Петру людьми. Так, например, Воинскую коллегию возглавлял Меншиков, Адмиралтейскую — Апраксин, Иностранных дел — Головкин, Берг- и Мануфактур-коллегию — Брюс. Президенты коллегий вначале были введены в состав Сената, но так как Сенат должен был осуществлять верховный надзор за деятельностью коллегий, то Петр впоследствии вывел президентов коллегий (кроме троих) из состава Сената.
На правах коллегии действовали также: главный магистрат, управлявший городовыми магистратами, которые были учреждены вместо прежних земских изб и ведали делами торгово-промышленного населения городов, и Синод — высшее правительственное учреждение, ведавшее делами церкви.
Петр превратил в чиновничью канцелярию управление церковью, видя недружелюбное отношение к своим преобразованиям со стороны духовенства. После смерти патриарха Адриана (в 1700 г.) царь оставил патриаршее место незамещенным (был лишь «местоблюститель» — Стефан Яворский), а в 1721 г. вовсе отменил патриаршество, учредив Синод во главе с президентом.
«Духовный регламент» был написан образованным епископом Феофаном Прокоповичем и отредактирован самим Петром. Первым президентом Синода был Яворский. По смерти его Петр не назначил ему преемника, а установил для надзора за деятельностью Синода должность обер-прокурора.
Так было создано верховное управление дворянско-чиновничьей империи Петра. Появилась огромная армия чиновников дворянского и недворянского происхождения, которая стала играть большую роль в управлении страной. Так создавались высшие звенья чиновной машины петровского абсолютизма.
Для укрепления дворянско-чиновничьей власти, для удержания народа в повиновении нужно было создать и новое областное управление. Еще в 1708 г. Петр учредил 8 губерний: Московскую, Петербургскую, Киевскую, Смоленскую, Архангельскую, Казанскую, Азовскую и Сибирскую. Затем были учреждены еще 3 губернии: Нижегородская, Астраханская и Рижская, а прежняя Смоленская губерния была упразднена. Во главе губернии стоял губернатор. В руках его была не только гражданская, но и военная власть, так как он располагал воинскими частями. Губернатора замещал вице-губернатор. Судебными делами ведал ландрихтер, а сбором хлебных запасов — обер-провиантмейстер. В 1713 г. при губернаторе был учрежден совет («Консилия») из выборных от местных дворян. Эти выборные назывались ландратами. На деле, правда, ландраты выбирались редко и влияния на губернатора не имели. В 1719 г. в губернии был учрежден надворный суд, а должность ландрихтера уничтожена.