Болезнь, начавшаяся в ночь с 1 на 2 марта 1953 г. была диагностирована как нарушение мозгового кровообращения (инсульт). Она же указывалась и как непосредственная причина смерти в официальных документах, опубликованных после кончины Сталина. Однако в истории этой последней болезни с самого начала обращают на себя внимание неполадки вовсе не в головном мозге, а в желудке и печени. Врачи отмечали некие изменения мочи, которые консилиум расценил как результат нефросклероза. В первые часы после начала заболевания 2 и 3 марта отмечалось вздутие живота больного, а также рвота. Однако очистки кишечника решили не производить, чтобы «не беспокоить больного» (!?), а рвотную массу впервые за все годы наблюдения первого лица не отправили на специальную экспертизу (чтобы убедиться в отсутствии яда), как это было предусмотрено прежде. 4 марта врачи отмечали новую особенность — «печень выходит из-под ребер на 3 см». После относительно спокойного течения болезни, в 4. 55 утра 5 марта у больного появилась икота, в 8. 00 — кровавая рвота (данные об этом содержались в дневнике консилиума, но не нашли отражения в официальном бюллетене), а в 11. 20 — новые позывы на рвоту. Как отмечали специалисты, «состояние больного сразу резко ухудшилось. Лицо побледнело. Дыхание стало очень поверхностным, с длительными паузами». Пытаясь разобраться в причинах внезапно открывшейся кровавой рвоты, консилиум в 12. 00 пришел к выводу, что «она является результатом сосудисто-трофического поражения слизистой оболочки желудка, связанной с основным заболеванием». В проекте официального заключения консилиума врачей 5 марта, составленного сразу после смерти Сталина, говорилось, что непосредственной причиной его смерти стало внезапно возникшее желудочное кровотечение. Именно оно «способствовало возникновению повторных приступов коллапса, которые закончились смертью». Однако именно эта фраза, равно как и упоминания о кровавой рвоте и других симптомах, связанных с желудком и печенью, были вычеркнуты из окончательного варианта документа чьей-то рукой. В том, что ни один врач, и даже министр здравоохранения не мог взять на себя ответственность за такой шаг, сомневаться не приходится. Это могло быть лишь одно из высших лиц в государстве.
Патолого-анатомическое исследование тела Сталина показало, что ущерб, причиненный кровоизлиянием в мозг не так велик, как могло показаться: «В области полюса левой височной доли небольшой очаг кровоизлияния, диаметром 0,5 см…». Зато в желудке обнаружена «черного цвета жидкость». При вскрытии были обнаружены очаги кровоизлияния не только в желудке, но и в кишечнике.
Поскольку официальные бюллетени о состоянии здоровья генералиссимуса публиковались в открытой печати и горячо обсуждались, особенно среди специалистов-медиков, а в памяти у всех еще было «дело врачей», еще в период болезни Сталина в ЦК стали поступать советы о лечении вождя, а после его кончины — указания на неправильное лечение.
Так сотрудники Горьковского мединститута высказывали беспокойство в связи «с целесообразностью применения при высоком давлении и кровоизлиянии тонизирующих средств камфары и кофеина». Некий аноним обращал внимание именно на множественные кровоизлияния в сердечную мышцу и органы брюшной полости, в то время как «кровоизлияние в мозгу ограничилось подоболочечным и внутриузловым. В желудочках мозга кровоизлияния не было».
Самым обстоятельным было письмо врачей Е. Е. Филипповой, А. А. Никонова и Ф. Н. Евлахова, написанное 10 марта. В нем отмечалось, что назначение и подкожное впрыскивание 20 % камафарного масла при гипертонической болезни и кровоизлиянии в мозг губительно, опасно и ничем не оправдано, так как оно «повышая кровяное давление и усиливая сокращение мускулатуры сердца и сосудов, способно лишь выбросить кровь из сосудов головного мозга под мозговую оболочку», что и произошло. Они полагали неправильным и назначение больному кислорода, что вызвало охлаждение тела, спазмы и сокращение сосудов в легких, а это, в свою очередь, повышает кровяное давление и ведет к выбрасыванию крови из мозговых сосудов под мозговую оболочку. Авторы письма обвиняли в неправильном лечении «старых буржуазных профессоров» Тареева, Мясникова и Лукомского и требовали их к ответу. Понятное дело, что власти взяли врачей под защиту.