И здесь начинается одна из тех исторических интриг, которыми так изобилует эпоха Ивана Грозного. Вот что сообщала газета «Вечерняя Москва» в номере от 23 сентября 1932 года: «Последние дни во время рытья котлована для закладки фундамента Дворца Советов был обнаружен ряд чрезвычайно любопытных находок. Например, вчера найден склеп Малюты Скуратова, хорошо известного опричника Ивана Грозного. Этот склеп был найден на глубине 5–6 метров под бывшей церковью, которая стояла на берегу Москвы-реки вблизи от бывшего памятника Александру III. На данный момент удалось откопать склеп только с одной стороны. Свидетельством того, что именно здесь захоронен Малюта Скуратов, послужило то, что во время демонтажа под местом, где находилась церквушка, был найден склеп с надмогильной плитой с надписью: «Здесь погребен Малюта Скуратов. 1573 г.».
Ведомство, которое возглавлял Малюта Скуратов, он же Григорий Лукьянович Скуратов-Бельский, носило название «Высшая полиция по делам государственной измены». Имя его звучит уже в самом начале драмы А. С. Пушкина «Борис Годунов» в диалоге князей Шуйского и Воротынского:
О важности поста, который занимал Малюта, свидетельствует тот факт, что на дочери Малюты, будущей царице Марии Григорьевне Скуратовой-Бельской был женат будущий царь Борис Годунов. Малюта Скуратов лично замучил десятки ни в чем не повинных людей, и ненависть к нему в народе была всеобщей. Поэтому по указанию царя, боявшегося осквернения памяти своего любимца, и была изготовлена вышеупомянутая плита. Сам же Малюта Скуратов похоронен в Иосифо-Волоколамском монастыре без всякого надгробия.
Поэт и драматург граф А. К. Толстой в своей трагедии «Смерть Иоанна Грозного» в действии втором говорит устами Бориса Годунова о Малюте:
Менее 20 верст отделяют Иосифо-Волоколамский монастырь от широко известного имения Ярополец, принадлежавшего теще А. С. Пушкина Наталье Ивановне Гончаровой (1785–1848), имения, которое великий поэт трижды посетил проездом в Москву и в Петербург. К этому времени монастырь значительно преобразился. В 1677–1688 годах по плану архитектора Ивана Неверова в монастыре возвели новые стены и башни. Фигурная кирпичная кладка и многоцветные изразцы придали прежней крепости новый романтический облик. Еще более украсили обитель Святые ворота с просторными арочными проездами, над которыми возвысилась в сиянии цветных изразцов пятиглавая Петропавловская церковь с золочеными куполами.
Ярополец Гончаровых. Главный дом усадьбы. 1780-е гг.
В течение 1688–1692 годов на месте собора XV века воздвигли новый Успенский собор в стиле московского барокко. Здесь искусство изразцовой живописи достигает своего апогея: изразцы «павлинье око» делались в мастерской известного мастера Степана Полубеса. Собор украшает кружевной ажурный иконостас, выполненный также в стиле барокко. В нижнем этаже Успенского собора освятили в 1777 году храм Иосифа Волоцкого; в нем покоятся мощи основателя обители.
Успенский собор Иосифо-Волоколамского монастыря.
Ряд источников убедительно доказывает связь монастыря с прямыми предками А. С. Пушкина – Головиными и Ржевскими. Так, основатель рода Головиных Иван Голова, овдовев, принял схиму в Иосифо-Волоколамском монастыре под именем монаха Ионы и в 1507 году ездил послом в Москву к великому князю Василию III, который тогда же принял монастырь под свое покровительство. Что касается Ржевских, то монастырь возвели на их землях, а затем этот богатый род из поколения в поколение дарил близлежащие деревни в собственность монастырю на помин души. Многие из семьи Ржевских уходили в монастырь, принося ему щедрые дары.
Царь Иван Грозный не однажды посещал Иосифо-Волоколамский монастырь, сам будучи крестником одного из монахов-насельников. В число обширных монастырских владений попало село Ярополч (Ярополец), которое вместе с 16 деревнями стало царским владением и местом царских охот с 1562 года. Название село получило от имени Ярополка, сына Владимира Мономаха, облюбовавшего высокий берег реки Ламы для устройства тут укрепленного лагеря.
Н. И. Гончарова в пожилом возрасте.