Но Гражданская война продолжалась, и для защиты завоеваний революции нужны были не только убежденные люди, но и умелые организаторы — красные командиры. Летом 1919 года Долматов стал заместителем комиссара костромских командных пехотных курсов, а в сентябре губком РКП(б) выдвинул его уже на пост комиссара. Здесь его организаторский талант, военные знания и опыт оказались более востребованными, чем на посту председателя губисполкома (март-май 1919). Задача, поставленная Главным управлением военно-учебных заведений Наркомвоена, состояла в том, чтобы готовить для Красной армии командиров вполне сознательных, политически развитых. Из юбилейной памятки о годовщине существования инструкторских пехкурсов узнаем, что боевая готовность костромичей была проверена в ходе 3-х месячных боев с Юденичем под Петроградом. С целью теоретической подготовки курсантам читали лекции по военным и общеобразовательным предметам, политграмоте. Осуществлялась строевая подготовка. Курсанты участвовали в шествиях и парадах, субботниках, а также в общественно-политической жизни города. Вот такое наследство получил Долматов от бывшего комиссара Н. П. Растопчина, направленного тогда на партийную работу в Ярославль. Предстояло сделать еще многое и оправдать доверие товарищей. С поставленной партией задачей Д. И. Долматов справился: за годы Гражданской войны было подготовлено более восьмисот командиров. Курсанты любили и уважали своего наставника, закончив обучение, не теряли связь с ним, писали Д. И. Долматову, обращаясь со словами: «Многоуважаемый Дмитрий Иванович! Кланяюсь Вам и желаю всего наилучшего». Сохранились и воспоминания учеников Долматова, которым он дал путевку в жизнь. Кто-то из них сам позже стал возглавлять подобные курсы в других городах России, закончил Академию, дослужился до генерала, отдал свою жизнь на алтарь победы в годы Великой Отечественной войны; кому-то было суждено стать крупным хозяйственным руководителем в Наркомпроде, Министерстве хлебопродуктов, членом коллегии Министерства заготовок РСФСР. Приезжая в Кострому, бывшие курсанты считали своим долгом побывать на могиле комиссара Долматова.
Помимо исполнения обязанностей заместителя комиссара костромских пехотных курсов Д. И. Долматов продолжал выполнять и другую партийную работу. Одновременно состоял членом губисполкома и бюро военной секции, объединявшей военных коммунистов местного гарнизона при общегородском комитете партии. Работы было много. По делам службы не раз выезжал в Москву. Время было тревожное. Голод, холод, мешочники, беспризорники. И вот однажды, на остановке трамвая, Долматова ограбили,
взяв его документы, в том числе партбилет за № 403, командировочное свидетельство, удостоверение на право ношения револьвера и бомбы и т. д. Пришлось объявить розыск. При оформлении новых документов потребовалось подтверждение личности Долматова, что и было сделано секретарем ЦК РКП(б) Е. Д. Стасовой, хорошо знавшей его.