В конце 1918 года возник конфликт между губкомом и губернским комиссариатом по военным делам, суть которого состояла в критике военными коммунистами действий советской власти. Телеграмма соответствующего содержания была направлена в ЦК. Большинство восприняло критику негативно, к военным прикрепился ярлык «гнусных авантюристов», которых следовало исключить из партии. Начались аресты. Наибольший резонанс вызвало взятие под стражу Степанова. 16 ноября 1918 года вопрос обсуждался на пленарном заседании губкома. Выступая, Хитров признавал, что подписавший телеграмму военный коммунист Филатов «совершил ошибку», а «защита товарища Степанова некоторыми лицами есть преступление». Действия военных властей были расценены как грубое нарушение принципов партийной дисциплины. Степанову после возможной реабилитации решено поручать только организационную работу.
Этому конфликту еще суждено было сыграть свою отрицательную роль в судьбе Г. В. Хитрова. Постановлением бюро губкома от 8 декабря 1918 года за «несоответствующее поведение со стороны члена партии» он на шесть месяцев был исключен из партии, отстранен от должности председателя губисполкома и лишен права занимать ответственные посты в течение означенного срока. Губисполком со столь жестким решением не согласился и просил губком партии пересмотреть принятое постановление. Экстренное заседание ГИКа 9 декабря постановило: «1) Просить партийный комитет… произвести доследование относительно товарища Хитрова и предать дело в партийный суд.
2) Временно впредь до решения партийного суда отстранить Хитрова от обязанности Председателя и члена ГИК». На пленуме губкома большинством голосов при трех воздержавшихся постановление Бюро осталось в силе, но срок исключения Хитрова сокращен до трех месяцев и изъят пункт о передаче дела Ревтрибуналу. Однако Григорий Васильевич для рассмотрения дела посчитал необходимым обратиться в ЦК.
В начале февраля 1919 года Г. В. Хитров принимал участие в работе II Губернской конференции РКП(б), на которой спор вокруг его фигуры поднялся вновь. В выступлении в свою защиту Хитров сделал ссылку на авторитет высших партийных органов, не только реабилитировавших, но и давших ему новое ответственное поручение: «Я ездил лично в ЦК нашей партии и ЦК не нашел достаточно веских обвинений. Все обвинения, выдвигаемые против меня, гнусная провокация! Теперь мне, как едущему в Ярославскую губернию, необходимо присутствовать на конференции… Козлов и Виноградова далеки от правильного толкования дела!». Большинством голосов Г. В. Хитрову предоставлено право присутствия на конференции с совещательным голосом. Через два дня дело получило несколько иной оборот, обернувшись критическими замечаниями в адрес губернского комитета. Выступавший Турнов отметил, что в губкоме «идет подкоп под старых работников. Молодые коммунисты выживают хороших работников, старых работников как Хитров и Степанов». Таким образом, из обвиняемого Григорий Васильевич превратился в жертву интриг и личных счетов, что отразилось и в его выступлении: «В губкоме было две ориентации, одна чисто городская, другая — деревенская. Я принадлежал ко второй, так как она смотрела гораздо шире, чем первая… Дело со мной была подлая провокация… По моему делу не было следствия…».
Вскоре, по направлению ЦК РКП(б), Хитров переехал на партийную работу в Ярославль. Был членом губисполкома и коллегии губземотдела. 1 мая 1919 года по партийной мобилизации направлен Наркомземом в Донскую область по организации земорганов и переселенческих пунктов, но в скором времени и с этого «фронта» работы был отозван и переведен в отдел по работе в деревне. С 25 мая 1919 по ноябрь 1920 года Хитров входил в состав коллегии этого отдела при ЦК РКП (б). В следующей командировке Г. В. Хитров состоял сотрудником М. И. Калинина во время поездки по стране на поезде «Октябрьская революция».
Всероссийским съездом совхозов Хитров избран в ЦК Союза работников земли и леса (Всеработземлеса), где он работал в течение двух лет и занимал разные должности, входил в состав президиума и бюро, был членом коллегии Главсовкомхоза, а после преобразований — заведующим техническим отделом, готовившего с января по август 1922 года к передаче в Госсельсиндикат Наркомзема. Несмотря на напряженную работу в центральных органах управления и власти, Хитров не порвал окончательно связей с Костромским краем и в конце 1921 года вошел в число уполномоченных по уездам губпродкома для проведения продовольственного двухнедельника.
В сентябре 1922 года Г. В. Хитров мобилизован в тысячу и командирован в Петроград для работы в Губотдел союза работников земли и леса на правах члена правления. В 1923 году Петрокомитет посчитал необходимым «перебросить» ценного сотрудника на Волховстрой, где Хитров оставался до июля 1924 года, когда был переведен на работу в Петроградский губотдел союза потребителей в качестве инструктора и заведующего культотделом. С 1924 по 1927 годы входил в состав президиума губернского съезда строителей.