Во главе его стоял игумен с подчиненными ему должностными лицами: доместиком или уставщиком, смотревшим за исправностью богослужебного чина, экономом, ведавшим монастырскую казну, келарем, распоряжавшимся братской трапезой, просфорней и всеми съестными припасами и др. Все монахи разделялись на 4 класса: одни — новопоступившие — ходили в мирской одежде, другие — еще не постриженные — носили монашескую одежду и несли положенное послушание, третьи были пострижены и носили мантию, четвертые же — испытанные — облечены были в великую схиму. Смирение и покорность требовались от всех; все делалось с благословения игумена. Поступая в монастырь, инок должен был отречься от своей собственности. В монастыре все было общее — и одежда, и пища. В кельях запрещалось держать съестное и лишнюю одежду; братия должна была довольствоваться общей трапезой; устав определял и пищу, и порядок трапезования. Монастырские работы братия должна была справлять сама или сообща, или поурочно. Определены были сроки богослужебных собраний и порядок предстояния здесь иноков. Келейные занятия состояли в молитве, чтении, пении псалмов и в рукоделиях. После повечерия, которое совершалось обыкновенно после ужина, строго запрещалось монахам собираться для бесед в кельях.
Сам Феодосии внимательно наблюдал за выполнением этого устава: если находил у инока что–либо из частной собственности, приказывал бросать в огонь, а иноку давал наставление в нестяжательности; если кого–либо заставал беседующим после повечерия, делал наутро выговор и одних прощал, других наказывал епитимией. В поучениях своих часто указывал на обязанности братии и обличал замечаемые в ней недостатки. Старался действовать иногда и своим собственным примером: прежде всех приходил в церковь и н& монастырские работы, часто ходил в пекарню и помогал готовить хлебы рубил дрова, носил воду и т. п.
Заботясь о внутренней организации монастыря, Феодосии старался улучшить и внешнее его положение. В 1073 году он заложил великую каменную церковь близ второй Антониевой пещеры. Но в следующем году он скончался; церковь достраивали его преемники Стефан, Никон и Иоанн, при котором монастырь и был переведен из прежнего места к новоосвященной церкви; пещерный монастырь тогда сделался чем–то вроде кладбища.