Однако появление многочисленного потомства у честолюбивой Софьи (пятеро сыновей и трое дочерей) внесло большую сумятицу при дворе великого князя и породило две противоборствующие партии. Ситуация крайне обострилась, когда в 1490 году неожиданно умер Иван Молодой. Ходили слухи, что его отравила мачеха. Дмитрию к этому времени исполнилось всего лишь семь лет, а старшему сыну Софьи Василию – одиннадцать. Семь лет Иван III не делал официальных заявлений о своем преемнике, наблюдая со стороны за развитием княжичей и борьбой их матерей, Софьи и Елены Молдавской, но когда его симпатии все же склонились в пользу внука, дело дошло до заговора, в котором оказались замешанными и Софья, и уже восемнадцатилетний Василий. По плану заговорщиков, присягнувших Василию, он со своими людьми должен был выехать в Вологду и захватить хранившуюся там великокняжескую казну, а в это время его сообщникам в Москве предстояло убить Дмитрия. Какие планы вынашивали заговорщики в отношении Ивана III – неизвестно. Можно лишь догадываться, что до отцеубийства они не додумались, да и не было раньше такого на Руси. А вот в Византии подобное случалось не раз, а Софья-то была оттуда. Заговор раскрылся, Василия взяли под домашний арест, Софью удалили из великокняжеского дворца, а их пособников по приговору церковного суда казнили 27 декабря 1497 года. «Ведьмы», подозреваемые в изготовлении яда, были схвачены и тайно утоплены в Москве-реке.
4 февраля 1498 года состоялась официальная коронация Дмитрия. В присутствии митрополита и епископов Иван III благословил внука Великим княжеством Московским, а также Владимирским и Новгородским, возложив на него бармы и венец. Это было первым в истории Руси венчанием на царство.
Казалось бы, точки расставлены, зло наказано, но не тут-то было. Оправившись от первого шока, Софья и Василий приложили максимум усилий для того, чтобы показать себя безвинно пострадавшими жертвами неправосудного приговора. И это им удалось. Иван III дал себя убедить в том, что опалу на Василия и Софью он наложил под воздействием «дьявольских чар и советов дурных людей». «Козлами отпущения» стали ближайшие советники великого князя, проводившие дознание по дворцовому заговору: князь Семен Ряполовский был казнен, а главу боярской думы Ивана Патрикеева и его сына Василия насильно постригли в монахи. Опалу с Софьи и Василия сняли, сверх того Василию в марте 1499 года были пожалованы Новгород и Псков.
Возвращение и приближение одних тут же повлекло за собой охлаждение к другим и их отдаление. Елену Молдавскую и Дмитрия сначала лишили возможности общаться с Иваном III, а в апреле 1502 года и вовсе посадили под домашний арест. Василий же сделал очередной и очень важный шаг к своему возвышению: он был провозглашен преемником и великим князем.
Но этого ему было мало: соперник на великокняжеский стол, хоть и поверженный, должен быть уничтожен. В чем может состоять его сила? В союзниках, советниках, верных помощниках. К этому времени Ряполовского и Патрикеевых уже устранили с политической арены, а дьяк Федор Курицын был настолько запуган, что любой его шаг в защиту Дмитрия мог оказаться шагом к политическому или физическому самоубийству. Оставался лишь авторитет матери и деда, воеводы Стефана Молдавского. Однако и здесь нашлись рычаги и способы воздействия. Пригодилось незавершенное «дело о ереси жидовствующих», в котором, как ни странно, была замешана и Елена Молдавская. Набиравший силы при дворе стареющего отца Василий с помощью ересеборцев и других иерархов, которых он поддержал в борьбе против секуляризации церковных земель, настоял на проведении специального ересеборческого Церковного собора, на котором председательствовали оба великих князя. Суд был скор, жесток, но праведен ли? Троих осужденных 27 декабря 1504 года сожгли в Москве, а еще нескольких еретиков казнили в Новгороде. Менее чем через месяц после этого в тюрьме скончалась и Елена Молдавская. Дмитрий Иванович остался один, изолированный сначала в тюрьме, а потом в своем поместье. Его смерть в феврале 1509 года сняла последние сомнения в праве Василия III именоваться Государем всея Руси и владеть великокняжеским столом, на который он вступил после смерти своего отца 27 октября 1505 года.