В 1432 г. на острове появился христианский деревянный монастырь, который неоднократно горел. В 1594 г. было завершено строительство Кремля-крепости. С его постройкой Соловки стали основным форпостом Московии (России) на севере. Он построен из огромных камней весом до 11 тонн. Его площадь составляет 20,6 га при длине стен с башнями 1084 м.
С периода царствования Ивана Грозного Соловецкому монастырю передавались большие денежные и материальные средства от царей и знати для развития и укрепления монастыря. Монастырю отводились в пользование земли с деревнями в разных губерниях России. Монастырь пользовался большими привилегиями в торговле солью и другими товарами.
Сосредоточив в своих руках значительные материальные и культурные ценности, монастырь строился, увеличивая число скитов, промысловых и иных строений. Еще до 1917 года на острове были соединены каналами 72 озера, что обеспечило создание водной транспортной системы. В XIX в. в монастыре работали: водяная мельница, электростанция, шлюзовая система с сухим доком для строительства и ремонта небольших кораблей, каменная дамба к острову Бол. Муксалма и многое другое. На острое развивались промыслы, садоводство, огородничество. Из-за короткого лета в саду под землей были проложены гончарные трубы, по которым шло тепло от находившихся в стороне печей. Они использовались и после 1920 года. Остров богат ягодами, рыбой, морской растительностью.
В монастыре работала уникальная отопительная система, при которой достаточно было сжечь в печи три березовых полена, чтобы в помещении сохранялось тепло в течение недели. После ликвидации монастыря в печи стали сжигать все виды деревьев, что привело к выводу из строя уникальной системы отопления.
В первой половине XX в. подобная система имелась в Баку, где отопление древней бани осуществлялось от трех свечей. К сожалению, кладка как камней, так и печи утеряны.
За более чем 400-летний период Соловецкий Кремль стал крупным духовным и культурным центром. В монастырских ризницах хранились ценнейшие исторические материалы: грамоты Великого Новгорода, Ивана Грозного и других царей, патриархов, митрополитов. Здесь была создана богатейшая коллекция книг. В 1835 г. в библиотеке монастыря насчитывалось 4608 томов, среди которых были древние старопечатные издания не только богословские, но и по грамматике, космографии, хронографы, азбуковники, лечебники, травники, певческие рукописи. Был здесь и богатый архивный материал.
В XIX–XX вв. значительная часть сокровищ была вывезена в Петербург, Москву и другие монастыри России. Только краткая опись, вывезенных в Москву изделий художественных ценностей, занимает 72 страницы. Их общий вес составил: 3,74 кг золота, 1360 кг серебра, 1988 драгоценных камней. Эти изделия до 1993 г. находились в музеях страны.
Учитывая, что монастырь многократно подвергался различным опасностям (военным нападениям, восстаниям, экспроприациям), он не мог не располагать скрытыми тайниками, в которых пряталось самое ценное из имевшегося.
Имеются основания надеяться, что в древних подземельях острова находятся древнеписьменные и иные исторические материалы прошлых столетий и тысячелетий.
Известно, что все крупные монастыри исполняли роль крепостей, где всегда имелись подземные ходы. Нет секрета в том, что на Соловецких островах существуют многоярусные прямолинейные и кольцеобразные подземные ходы. Некоторые из них остаются неисследованными и ненайденными.
Из официальных источников известно, что в 1924 г. был обнаружен и тогда же замурован подземный ход в Преображенском соборе Кремля. Из района Кремля ранее уходили подземные ходы в нескольких направлениях, в том числе в сторону горы Секирная и к Большому Заяцкому острову. В период Великой Отечественной войны по соловецким подземельям ходил юнга Валентин Пикуль (будущий писатель). Им была даже написана рукопись книги о соловецких подземельях.
В прошлом подземные ходы играли важную роль. В период Соловецкого событий (1668–1676 гг.) восставшие, размещаясь в Кремле и практически находясь в блокаде, получали помощь извне по подземным ходом даже с Онежского полуострова. Подземные ходы работали исправно в любое время суток и года. В начале XVII в. подобным образом по подземельям снабжался всем необходимым Троице-Сергиев монастырь (под Москвой), будучи блокированным польскими войсками.
История Соловецких островов неразрывно связана с Великим Новгородом, который в 1478 г. вошел в состав Московии. По неизвестной причине в 1570 г. Иван Грозный руками опричников разграбил и потопил в крови древний Новгород и его окрестности, включая и монастыри. После этого участились набеги иностранных вооруженных отрядов на Поморье.
Московские власти, обеспокоенные происходящим, поставили в XVII в. Соловецкому монастырю 90 орудий. Вместе со стрельцами по боевым постам были расписаны и монахи (бывшие крестьяне).