С обычной ему решительной и неприкровенной прямотой Е. Е. Голубинский уже маститым ученым категорически свидетельствовал о себе: «История бывает трех родов: тупая, принимающая всё, что оставило нам прошлое время с именем исторического материала, за чистую монету и поэтому рассказывающая бабьи басни; лгущая, которая не обманывается сама, но обманывает других, которая из разных практических побуждений представляет белое черным и черное белым, хулит достойное похвалы и хвалит достойное порицания и т. п.; и настоящая, которая стремится к тому, чтобы по возможности верно и по возможности обстоятельно узнавать прошлое и потом стараться так же верно и обстоятельно воспроизводить его. Предоставляя желающим и производящим быть сторонниками истории тупой или лгущей, я со своей стороны есмь горячий почитатель истории настоящей». Последняя «по своему научному идеалу есть возможно удовлетворительное воспроизведение прошлой исторической жизни людей — такое воспроизведение, чтобы эта историческая жизнь вставала перед нами, как настоящая, во всей своей жизненной живости и во всей своей целостной полноте (с тем прибавлением против настоящей — чтобы и со всем своим смыслом)». «Этот идеал истории требует, чтобы люди, составляющие преемства лиц иерархических, и вообще все исторические деятели изображаемы были как живые люди с индивидуальной личной физиономией и с индивидуальным нравственным характером каждого, поелику в истории, подобно действительной жизни, которую она воспроизводит, всякий человек имеет значение только как живая нравственная личность и поелику наше нравственное чувство ищет находиться в живом общении с историческими людьми и хочет знать, должны ли мы воздавать им почести или произносить над ними строгий, так называемый исторический суд». Эта взаимность с минувшим влечет за собой, что «быть историком в некотором отношении почти так же щекотливо, как быть публицистом. История какого бы то ни было общества не может быть похвальным словом или панегириком, а должна быть точным воспроизведением его прошедшей жизни со всеми достоинствами и недостатками этой последней; иначе она утратит весь свой смысл и перестанет быть историей. Но говоря о недостатках прошедшего времени, иногда невозможно бывает не захватывать до некоторой степени настоящего по той очень простой причине, что иногда прошедшее еще продолжает более или менее оставаться настоящим. Таким образом, в некоторых случаях историк волей-неволей становится публицистом, тем более, что это — «живой человек», который, «говоря о прошедшем, не может совсем отрешиться от настоящего». И вот тут, «допуская умолчания, он был бы вынужден кривить своей совестью; а как скоро он дозволит себе это, то история — уже не история». Ведь «не великий толк и не великая польза от того, чтобы изображать себя прекрасными в прошедшем с помощью сочинительства и фантазии. Не это нам должно делать, а то другое, чтобы, имея мужество признавать прошедшее таким, каким оно было, стараться, в нарочитое возмещение за него, стать возможно лучшими в будущем».
Всё это в устах Е. Е. Голубинского выражало безусловное требование, что истинный и честный историк должен постигать и выяснять действительность с наилучшей точностью и во имя ее «резать правду-матку», хотя бы она «колола не в бровь, а прямо в глаз». В этих целях «всякая история относительно своего материала — обилен он или скуден — должна быть подвергнута критической обработке. Правило обыкновенной жизни: не верить всему, что люди говорят и пишут, имеет совершенно такое же приложение и к истории; как в настоящее время, приготовляя материал будущей истории, люди, отчасти по неведению, отчасти по прямым намерениям, пишут о делах и событиях, имеющих стать достоянием истории, далеко не одну чистую истину, так это было и в древнее время. В древнее время по условиям тогдашней общественной жизни была еще гораздо большая свобода для лжи ненамеренной и намеренной; и до сих пор народное творчество создает исторические легенды, но легенды эти уже не имеют возможности приобретать значение исторического материала… Вообще, нужда критики в отношении к материалу всякой истории совершенно ясна и очевидна, и сколько наивным будет тот будущий историк нашего времени, который даст полную веру всему, что получит от нас в виде исторического материала, столько же наивны были бы и мы, если бы относились к находящемуся в наших руках материалу прошедшей истории с подобной же полной верой. При моем изучении русской церковной истории я поставил своей нарочитой задачей критическое отношение к ее материалу».