Но и теперь было много препятствий для процветания ее на богословской почве. Запад пока богат был более материалами, предначертаниями и гаданиями, чем отчетливыми результатами и важными обеспечениями. Использование заграничных научных приобретений в православном богословии было тем сомнительнее, что православных восточных памятников там почти не касались и не постигали, а о собственно русских, пожалуй, и совсем не догадывались. Однако являлось бесспорной истиной, что «понять смысл теперешнего церковного обряда и определить характер существовавшего у нас (на Руси) некогда искусства нельзя иначе, как в связи с церковной и отчасти политической жизнью средневековой Греции», почему «эта задача лежит на особенной обязанности нашей (русской церковно-археологической) науки и составляет существенное отличие ее постановки в сравнении с западной школой» (проф. А. П. Голубцов). На русских богословских новаторов сразу падало непосильное бремя разработки совершенно девственной почвы, но в этом отношении еще в конце 60-х годов (на первом археологическом съезде в Москве с 19 марта 1869 г.) проф. П. С. Казанский вполне резонно сказал, что «археология — наука для людей богатых или, по крайней мере, достаточных».
При таких тяжелых условиях русская церковная археология с честью вышла из столь великих затруднений и добилась в богословии того, что по измененному 29 июля 1911 г. академическому уставу получила самостоятельную и обязательную для всех студентов кафедру с особым преподавателем. При всем том она не прерывала традиционных связей с литургикой, продолжая исповедовать, что «церковный археолог имеет дело с двумя категориями данных, именно: с формами церковного богослужения (т. е. культа) и отчасти древнехристианского быта. В понятие церковного культа входят две стороны: литургическая, то есть различные формы богослужебной обрядности в их историческом развитии, и монументальная — те вещественные средства, которые составляют обстановку и материал литургических действий, то есть храм, как архитектурное целое, со всеми приспособлениями, относящимися к богослужению, церковная живопись, одежды, утварь и все вообще вещественные богослужебные принадлежности; задача первой части — изложить историю церковного обряда, задача второй — представить историю церковного искусства, по крайней мере, в его главных отраслях» (проф. А. П. Голубцов).
Конечно, с принципиальной точки зрения, подобное ограничение сферы «христианского» искусства «церковным» является узким, но для богословия оно нормально и не мешало церковной археологии оказывать немалую услугу общенаучному знанию, хотя у нее пока насчитывается собственно одно крупное имя цельного специалиста. Проблема здесь заключалась в том, чтобы, усвоив лучшие западные успехи, применить их к непосредственному изучению византийских и русских церковно-археологических памятников, а потом уже создать свою систему истолкования хода и смысла церковного искусства. Разумеется, для этого требовался подготовительный период, в течение которого были возможны, скорее, лишь принципиально-теоретические приспособления к новым богословским целям по старым материалам.