Ключевая идея административной реформы заключалась в разделении функций федеральных органов исполнительной власти на три типа: правоустанавливающие (закреплены за министерствами), правоприменительные (принадлежат агентствам, управляющим госимуществами, финансами и оказывающим профильные госуслуги) и контрольно-надзорные (входят в сферу полномочий федеральных служб). При запуске административной реформы в мае 2004 года планировалось соответствующим образом разграничить полномочия и ответственность между министерствами, агентствами и службами. Формально, на уровне положений о федеральных ведомствах, это разграничение было проведено еще в апреле 2004 года. Фактически оно не произошло до сих пор, что стало главным функциональным недостатком проводимых преобразований. Главная причина – в отсутствии подробно разработанных и законодательно утвержденных стандартов госуслуг и административных регламентов их предоставления, то есть как раз инфраструктурной и институциональной базы реформы. Соответствующая работа начата правительственной комиссией по административной реформе лишь в I квартале 2005 года.
Согласно регламенту деятельности Правительства, министры утверждают службам и агентствам смету расходов и производят ключевые кадровые назначения. Таким образом, федеральные службы, осуществляющие надзорные функции, не были выведены из-под контроля министерств. Этот второй функциональный просчет разработчиков реформы предопределил борьбу Председателя Правительства и ключевых министров за контроль над федеральными службами. Установившееся хаотическое распределение надзорных функций не мотивировано логикой эффективного государственного управления. Оно отражает сложившийся баланс аппаратных влияний премьера, ключевых экономических министров и конкурирующих группировок в Администрации Президента. Вместе с тем утверждение сметы расходов не является достаточным рычагом для оперативного контроля министерств над деятельностью агентств. Осуществлять оперативный контроль над агентствами, в части их расходования смет и управления госимуществами, министерства не вправе.
Административная реформа была начата в условиях отсутствия четко регламентированных полномочий, зон ответственности и субординации вновь созданных федеральных органов исполнительной власти
. Равным образом не были заранее отработаны: взаимодействие между вновь созданными структурами; взаимодействие самих новых ведомств с собственными территориальными органами; взаимодействие новых структур госуправления с хозяйствующими субъектами.В настоящее время деятельность ряда агентств носит фактически фиктивный характер. Целый ряд агентств и госкомпаний, наоборот, открыто игнорируют указания профильных министров. Это в особенности характерно для системы Минтранса, где министр фактически утратил оперативный контроль над Федеральным агентством воздушного транспорта (Росавиацией), Федеральным агентством железнодорожного транспорта и ОАО “РЖД”. Подобная ситуация характерна и для взаимоотношений Минфина России с Федеральной налоговой службой и пр.
Отмечен беспрецедентный случай двойного подчинения федеральной службы. Например, Федеральная таможенная служба находится в ведении Минэкономразвития, контролирующего нормативно-правовое регулирование в таможенной сфере. Кроме того, в ведении Минфина осталось право определять таможенную стоимость товаров (на основе которой и устанавливается размер пошлины) и контролировать поступление таможенных платежей через систему Федерального казначейства. Таким образом, за ФТС остались только функции надзора за выполнением законодательства участниками внешней торговли.В целом, по оценке экспертов правительственной Комиссии по административной реформе, число признанных избыточными и ликвидированных функций Правительства составляет примерно 2 тысячи. Как полагают эксперты, из оставшихся примерно 3 тысяч около 200 важных функций, объединенных логикой управления в 30-40 однотипных групп, неправомерно раздроблены, распределены между несколькими федеральными ведомствами; неадекватно своему значению представлены в структуре федеральных органов исполнительной власти, фактически выполняются не теми ведомствами, за которыми они закреплены указами Президента и распоряжениями Правительства.
Форсированные мероприятия по реализации административной реформы вызвали
ускоренную фрагментацию Правительства. Уже в апреле–мае 2004 года оно превратилось в конгломерат конкурирующих групп игроков, занятых ожесточенной борьбой за ключевые властные функции (формирование бюджета, управление Стабилизационным фондом, управление госимуществом, таможенное регулирование и пр.).