Зато князь Александр Гагарин, служивший в Нагасаки консулом в течение трех лет до Русско-японской войны, преуспел в другом деле — создании Морского дома (Sailor's Home), приюта для русских моряков. Как писала газета «Владивосток», он при помощи Русско-китайского банка, «сознавая значение для нас этого вопроса и скорбя душой за многих наших несостоятельных соотечественников и матросов коммерческих судов, оставшихся по той или другой причине без гроша, купил участок земли для строительства «Морского дома», где бы русский человек, бесприютный на чужой стороне, мог бы за ничтожную плату, а в случае нужды и в долг, иметь ночлег, стол и трезвое времяпровождение вдали от развращающего действия многочисленных русско-еврейских притонов, куда до сих пор наши соотечественники из-за разного рода причин попадали, делаясь обыкновенно жертвами бессовестного обдирательства их содержателей».
Подробное описание Морского дома нам оставил редактор газеты «Владивосток» Николай Ремезов, совершивший поездку в Нагасаки. «Визировав свой паспорт в канцелярии, я имел удовольствие познакомиться с нашим консулом князем Гагариным. Мы отправились затем осматривать его любимое создание — «Морской дом», о котором мы писали во «Владивостоке» в прошлом году. Идея Гагарина имела замечательный успех и быстроту осуществления, чему можно позавидовать. Замечательный такт, энергия и уменье сделали идею князя Гагарина близкой для многих русских лучших людей. Употребляемые для этого средства и затем быстрое исполнение и не кое-как, для показу, а основательно, твердо, делают большую честь личности князя Гагарина и вызывают в каждом благодарность его деятельности, как у недругов, так и у друзей, как мне пришлось в этом лично убедиться. Само собой, разумеется, что и я не только присоединяюсь к этому общему голосу, но должен выразить и больше. Удивляться действительно есть чему: осенью задумано, а по весне уже сделано и сделано фундаментально, без копейки казенных денег; ну, да об этом потом».
Морской дом находился недалеко от консульства: к югу от него, на следующей улице. Он размещался в двухэтажном деревянном здании с такой же пристройкой, как у консульства, но меньших размеров. И в доме, и в пристройке на каждом этаже имелись веранды, откуда бухта и вход в нее были видны как на ладони. Около дома был небольшой дворик, в котором планировали устроить сад. Входная дверь, расположенная с северной стороны, вела в довольно просторный вестибюль. Из него шла лестница на второй этаж, устланная ковром. На первом же этаже, прямо у входа, находилась комната заведующего, а направо была устроена биллиардная. Там же располагались столовая и библиотека, в которой имелись преимущественно российские газеты, в том числе владивостокская. Они высылались сюда бесплатно, а иностранные газеты поступали от консула. Книг в библиотеке хранилось немного: с русской литературой в Нагасаки было сложно, так как в городе не существовало не только русской библиотеки, но и вообще какого-либо собрания книг на русском языке. Первую литературу для Морского дома выделил владыка Николай. На стене висели портреты императора и императрицы: дар от них с обещанием покровительства. Имелся там и музыкальный ящик.
На втором этаже Морского дома размещались спальни, рассчитанные не менее чем на 25 человек, но при необходимости в них можно было разместить и гораздо больше моряков. Одно время здесь проживало около 80 человек. В пристройке находились кухня и комната для прислуги. Наверху имелось помещение для фельдшера или медсестры. В доме поддерживался образцовый порядок. Оплата за проживание была установлена в 50 копеек за день, включая еду.
Морской дом строился и существовал исключительно на частные пожертвования, и поиск благотворителей шел постоянно. Этим занимался попечительский совет. Пожертвования во Владивостоке собирал командир Владивостокского порта контр-адмирал Н. А. Гаупт, в Японии к сбору средств подключился владыка Николай. В своем дневнике он записал: «Нагасакский консул князь Гагарин пишет, что предпринятый им матросский дом почти готов, что ныне задумывает еще постройку и основание русской школы в Нагасаки для русских детей, и вместе — для образования из японцев и переводчиков; просит советов на этот предмет». Николай II, пожертвовавший пять тысяч рублей для церкви в Нагасаки, столько же выделил и для Морского дома. Для обустройства нового заведения многое сделал лейтенант Михаил Михайлович Веселкин. Внушительную сумму, 2000 руб., принес благотворительный концерт в Токио, устроенный женой посланника А. П. Извольского. Она написала около 500 пригласительных писем, и на них охотно откликнулись как русские, так и некоторые японцы. К сожалению, сами моряки не особо отличились участием в этом благом деле.