В спущенную на воду шлюпку правого борта уселись восемь членов команды, причем четверо — самовольно, и два пассажира. Они перерезали фалини, и шлюпка отошла от борта. Из них остались живы лишь пятеро: четверо из команды и один пассажир. С трудом выбравшись на сушу, они заметили огонь в домишке, стоявшем прямо на берегу, туда и постучали. Таким образом рыбак Дзин Гэнъитиро стал первым, кто узнал об этой аварии. При виде продрогших иностранцев он понял, что в море произошла какая-то авария, и разбудил своего младшего брата Дзина Гэндзо, который жил по соседству. Правда, тот совсем по-другому истолковал появление чужеземцев, решив, что это советские войска высадились на остров, и быстро облачился в форму матроса спасательной службы. Реакцию японца можно понять: после конфликта на Халхин-Голе японо-советские отношения серьезно осложнились.
Начальник полицейского участка в г. Вакканай полицейский инспектор Такэиси Исаму, получив сообщение об аварии от Дзина Гэндзо, приказал судам «Сосуй-мару» (25 тонн) из спасательного отряда «Кита-Нихон» и «Саньё-мару» (2100 тонн) заняться спасательными работами. На борт зафрахтованного армией судна «Сосуй-мару» поднялся и майор инженерно-строительных войск Танабэ Риити, начальник отделения штаба по строительству оборонных сооружений в округе Соя. Он узнал по телефону от местного отделения губернского управления в Соя, что советское судно потерпело аварию в море в районе Хамаонисибецу и поселка Саруфуцу и просит о помощи. «Сосуй-мару» вышло из порта Вакканай к месту аварии, но из-за сильного шторма не смогло обогнуть мыс Соя и вынуждено было, вернувшись в Вакканай, дожидаться хорошей погоды.
Пока разворачивались работы по спасению «Индигирки», пятеро иностранцев, дрожа от холода, сидели в доме японского рыбака вокруг печки, которая не могла их согреть. Необходимо было согреться изнутри, и Дзин Гэнъитиро налил им крепкой водки-сётю, после чего люди стали мало-помалу приходить в себя.
К вечеру 12-го ветер стих, немного распогодилось, и с «Индигирки» увидели берег и людей, которые махали руками. Один из моряков стал подавать сигналы флажками. С берега ответили. Люди насторожились, не зная, чего ожидать. Моряк успокоил их, сказал, что идет спасение. Все повеселели, хотя основательно замерзли. На другой день, 13 декабря, волнение немного успокоилось, и Танабэ Риити приказал капитану судна «Сосуй-мару» Домо-ну Мицуо вывести его в море, не дожидаясь рассвета. Он брал на себя всю ответственность за безопасность судна и готов был сделать себе харакири в случае аварии.
В шесть утра на тонущем пароходе заметили огонек, который с каждой минутой делался ярче. Все в один голос зашумели: «Идет спасение!» Когда рассвело, увидели две шхуны, которые бросили якорь метрах в двадцати от «Индигирки» и стали задним ходом приближаться к пароходу. Сильная зыбь приподнимала их высоко над палубой. Кинули выброску, завели канаты. Объявили, что в первую очередь будут снимать женщин и детей, но в дальнейшем от этого отказались, ссылаясь на зыбь и на скорый приход другого бота. Какая это была мучительная погрузка! Обвязанных веревками людей приходилось по нескольку раз передавать туда и обратно, подгадывая удобный момент, чтобы спасенных не раздавило бортами.
Чуть позже подошел японский пароход «Карафуто-мару», вставший на якорь в одной миле от «Индигирки». Вместе с моторным спасательным ботом, подошедшим следом, они начали снимать людей. На двух шлюпках их переправляли на берег. Капитан велел радисту сообщить о крушении во Владивосток или Нагаево, что ему не разрешили. Команда сошла последней, но в трюмах еще оставалось около двухсот человек. Они не могли проникнуть наверх, т. к. судно лежало на борту и люки были залиты водой. Оказать им помощь можно было, только разрезав автогеном борт.
Капитан Лапшин тоже покинул свое судно и перешел на борт «Карафуто-мару», невзирая на то, что в трюмах погибшего судна, которым он командовал, оставались люди. Он даже не счел нужным предупредить их, что наверху известно об их существовании и что им будет оказана помощь. Просидев в беспомощном состоянии четверо суток, многие сделали вывод, что о них не знают. Из-за этого были случаи самоубийства: люди топились или перерезали вены.
В результате отчаянных усилий, прилагаемых японцами, с «Индигирки» сняли 311 человек. Их переправили на японский пароход, и вечером 13 декабря он пришел в порт Вакканай. Там капитан заявил агенту парохода «Карафуто-мару» и начальнику портовой полиции, что необходимо немедленно послать на «Индигирку» моторный бот с автогенным аппаратом для спасения оставшихся людей. Японцы пообещали сделать это утром 14 декабря, но шторм продолжался, и помощь ушла только через два дня. В корпусе судна было проломано отверстие, через него помогли выбраться 28 пассажирам, у которых оставались силы ухватиться за спускаемые японцами концы. Слабосильные и больные, не способные удержаться, были обречены на гибель. Но и из 28 спасенных один вскоре умер. До четвертого трюма так и не добрались…