В мае 1928 г., приехав в Харбин, священник выслушал много упреков в том, что продолжает общаться с Москвой, несмотря на те гонения, которым подвергается православная церковь в Советской России. Тогда же священнослужитель сделал доклад о положении православной церкви в Японии. «Японская православная церковь, — подчеркивал он, — является не одной из епархий православной церкви русской, но совершенно самостоятельной церковью, чисто японской религиозной организацией, подчиняющейся юрисдикции японского министерства народного просвещения, по департаменту религиозных дел, и в нем зарегистрированной». Уезжая из Маньчжурии, архиепископ Сергий уговорил главу Корейской духовной миссии архимандрита Феодосия переехать в Японию и стать ему помощником. Феодосий был одним из самых высокообразованных богословов, его перу принадлежало много интересных работ. К глубокому огорчению архиепископа Сергия, Феодосий заболел крупозным воспалением легких и скончался в Токио 23 января 1933 г.
Русская православная миссия продолжала сохранять в Японии прочное положение. Церковно-общественный журнал «Хлеб Небесный», выходивший в Харбине, привел факты о русском присутствии в Японии. К 1927 г. Молитвенный дом с русским священником имелся в Кобе, семь — восемь русских домов в Нагасаки обслуживались православной церковью г. Осака, в самой Осаке, а также в Сендае, Саппоро, Отсуду, Кусиро находилось от одного до шести русских домов, в Хакодате — семь — восемь домов, в Токио русские жили в 20 домах.
На восстановление кафедрального собора Сергий собрал по тем временам огромнейшую сумму — более 200 тысяч иен, и 15 декабря 1929 г. произошло долгожданное событие в жизни православной церкви в Японии: торжественное освящение собора в Токио. На этой церемонии присутствовали почти все русские эмигранты и православные японцы со всей страны, всего около трех тысяч человек. Прекрасным хором управлял В. А. Покровский.
— Восстановление храма, — говорили пастыри и архипастыри, обращаясь к собравшимся, — есть чудо труда и энергии архиепископа Сергия! Помощь Бога дала владыке возможность довести до конца столь великое дело, в осуществлении которого еще недавно мало кто верил.
Церковный энциклопедический словарь архимандрита Феодосия сообщает: в 1930 г. в Японии действовало 106 церквей, молитвенных домов и проповедческих помещений, их обслуживали 73 священника и проповедника, из них только пятеро были русскими. Всего же православных верующих насчитывалось 39 тысяч человек.
Через десять лет, в конце лета 1939 г., произошло знаменательное событие: впервые в Японии по радио из Осаки передавалась православная церковная служба, сопровождавшаяся пением прекрасного хора. Организовал эту радиопередачу местный священник отец Яков Тахей. Корреспондент «Рубежа» писал: «При содействии профессора музыки в одном из высших женских училищ Осаки, г. Като, также православного, о. Яков Тахей организовал радиопередачу православной церковной службы в исполнении хора осакской церкви, а затем, в непродолжительном времени, в одном из лучших зданий Осака, в исполнении того же хора и духовный концерт. Посетившие этот концерт православные русские эмигранты вынесли от него прекрасное впечатление… К слову сказать, всех, кто посещал осакскую православную церковь, не могла не заинтересовать фигура ее настоятеля о. Якова Тахей. И немудрено: глядя на него, невольно вспоминаешь старую нашу Россию… Словно какою-то неведомою силой взят из небольшой деревенской церковки скромный русский священник и перенесен сюда, «на край света», — настолько весь облик о. Якова напоминает русского сельского батюшку. И не только по внешности, — и по характеру, и обращению с другими, о. Яков, тихий мягкий, нетребовательный, без всяких претензий, удивительно похож на хорошего и скромного русского пастыря».