«Ясно мне стало, — говорил Сергий в своем интервью харбинской газете «Заря», — что если мы доселе были только зарегистрированы по министерству народного просвещения, то отныне мы получили высшее начальство в лице министерства народного просвещения, утверждающее в должности. А мое начальство — Патриархия… Христовы же слова вечны: «Никто не может служить двум господам, ибо одного будет ненавидеть, а другого любить, или одному станет усердствовать, а о другом не радеть (Мф., 6 гл., 24 ст.). И согласуясь с новыми правилами, столь понятными для ниппонцев, я еще во время Собора решил сложить с себя управление Ниппонской православной церковью и титул «Ниппонского», остаться тем, кем я сюда назначен, т. е. начальником православной миссии в Японии, продолжая считать себя в прежней патриаршей юрисдикции. Конечно, я знал и знаю, что с 7 ноября 1917 года миссия — это я один. Но, если жива идея, может воскреснуть из живого семени и полная миссия».
Получив инструкцию от Министерства народного просвещения, руководство православной церковью в Японии в августе 1940 г. просило митрополита Сергия благославить управление церковью японцем. Тот ответил кратко: «В настоящее время весь Ниппон употребляет героические усилия, чтобы объединиться во всех областях жизни и превратиться в несокрушимую скалу — Ниппонскую беспримерную скалу. Как бы иностранец ни любил Ниппон, он психологически не может в этом отношении сделать то, что легко и естественно сделает ниппонец. Просьбу вашу я понимаю, и она для меня не является неожиданной».
Так закончилась деятельность Русской православной миссии. Отлучение митрополита Сергия, который сохранял полный нейтралитет, от обязанностей происходило непросто. 5 сентября 1940 г. он передал все дела и имущество отцу А. Ивасаве, хотя Собор Японской православной церкви еще не вынес соответствующего решения. Удалившись от дел, Сергий стал получать небольшую пенсию. О своих планах он говорил: «Как начальник Российской православной миссии, буду духовно окормлять русских в Токио (до 200 человек), в Йокогаме (до 150), временами в Кобе (до 250 человек) и в других городах Ниппона. Литургии, всенощные, крещения, исповедь, венчания, панихиды, похороны, молебны, соборования и всюду проповеди и поучения… для русских. Ниппонцев может поучать лишь ниппонец. А дома у меня занятий много. Больше, чем успею сделать в краткое время, оставшееся жить здесь… Сейчас я печатаю свою «Двоенадесятицу Св. Апостолов» в ниппонском переводе. Выйдет в свет на днях (до 500 страниц). Усиленно пишу «Историю Православной проповеди в Ниппон за 80 лет» (1860–1940 — до моего добровольного удаления от управления церковью). Мною уже написано до 2500 страниц. Остается написать еще около 1000 страниц. Тихая обстановка за городом даст мне возможность кончить все в 4–5 месяцев. А после — в тихой же обстановке — пересмотр этого громадного труда. И, кто знает? Может быть, мой труд выйдет и не «посмертным изданием»?! Службы же в соборе, в Сергиевской церкви, Никольской, главным образом, с русским хором и для русских, но с ниппонским духовенством, с которым у меня неизменно добрые отношения, будут питать меня духовно».
Зерна раздора, посеянные среди верующих, дали обильные всходы, в результате чего среди православных произошел раскол. Арсению Ивасаве не удалось уговорить Собор утвердить принятое решение об устранении Сергия, и он попросил однокашника по Духовной академии, главу Зарубежной православной церкви митрополита Анастасия, благословить хиротонирование в епископы протоирея Иоанна Оно. Он родился на Хоккайдо в 1870 г., окончил семинарию в Токио в 1891 г. и стал священником в 1905 г. Вместе с ним была пострижена в монахини его жена Вера Оно, получившая имя Елена. Ее отец Павел Савабе был первым японским православным христианином и священником.
Хотя акт избрания этого иерарха подписали только два действующих священника и три заштатных, японские власти настояли на этом решении. 6 апреля 1941 г. в Харбине, в Свято-Николаевском соборе состоялась хиротония в сан епископа Ниппонского и Токийского протоирея отца Иоанна Оно. Все произошло очень быстро. Митрополит Мелетий постриг Оно в монахи, дав ему имя Николай, и сразу же возвел в архимандриты.