19 апреля 1941 г. новый епископ вернулся домой и хотел было провести богослужение, но… разгневанные верующие не дали ему произнести ни слова. Опять пришлось вмешаться властям, и 23 июня того же года был подписан формальный акт примирения, на основании которого епископ Николай Оно стал главой Японской православной церкви. К этому времени митрополита Сергия выселили из архиерейского дома. Он поселился на окраине Токио, где устроил молитвенный дом. Во время одного из воздушных налетов американцев дом сгорел, и митрополит нашел приют у одного русского эмигранта. 10 августа 1945 г. он скончался от разрыва сердца. Отпевание и погребение было совершено епископом Оно с тремя священниками, а в последний путь бывшего главу Русской православной миссии пришли проводить менее сотни христиан. Прах митрополита Сергия положили рядом с могилой архиепископа Николая.
После войны
Начало Тихоокеанской войны значительно изменило положение эмигрантов в Японии. Местная полиция стала обращать на иностранцев, особенно выходцев из России, особое внимание, подозревая их в шпионаже. Еще в январе 1939 г. японцы произвели серию арестов на юге Сахалина.
Через два года последовала новая волна арестов. Всего в декабре 1941 г. по обвинению в шпионаже арестовали 126 иностранцев, среди которых были и русские эмигранты. Случаи арестов по подозрению в шпионаже повторялись и позже: в 1942 г. на Южном Сахалине арестовали и этапировали в Токио торговца В. А. Просцевича. В числе тех, кто в это время был арестован и погиб в тюрьме, оказался К. Р. Зверев. Позже на Хоккайдо и Южном Сахалине были арестованы еще семеро эмигрантов.
Среди других репрессивных мер по отношению к русским были ограничения по передвижению по Японии и запрещение жить в некоторых городах, имевших отношение к военным операциям и военной промышленности. Пользуясь затруднительным положением малоимущих эмигрантов, японская полиция стала вербовать русских на роль осведомителей. Эта политика не могла не сказаться на настроениях: многие эмигранты из России стали ходатайствовать о получении советских паспортов, которые могли как-то защитить от произвола. Просоветские настроения стали нарастать после перелома в ходе Великой Отечественной войны и по мере продвижения Советской армии на запад.
Когда в 1953 г. Георгий Александрович Ленсен приехал в Хакодате, он застал здесь только четырех русских эмигрантов, двух мужчин и двух женщин, имевших японских супругов. Трое из них получили японское гражданство. Из них выделялся Анатолий Николаевич Королев, участник Первой мировой войны, откомандированный в июне 1917 г. в распоряжение морского агента в США. Летом 1919 г., как только забрезжила надежда, что адмирал Колчак сможет победить большевиков, Королев вернулся во Владивосток. Здесь его назначили командиром учебного судна «Маньчжур». С падением колчаковской власти 33-летний моряк навсегда уехал в Японию и поселился в Хакодате, устроившись бухгалтером в рыболовно-китобойную компанию «Ничиро». Вскоре он женился на японке и среди японцев был больше известен как Хашимото-сан. По сведениям Ленсена, Королев-Хашимото пользовался большим уважением у японцев. На вопрос исследователя, почему он остался на Хоккайдо, Анатолий Николаевич ответил: «Потому что здесь, как в России…»
После капитуляции Японии натерпевшиеся невзгод русские эмигранты засобирались в другие страны. Первыми уезжали русские девушки, нашедшие себе мужей среди американцев. Очередь в Американское консульство за визами быстро росла. По-прежнему обращались и за советскими паспортами, но быстро выяснилось, что получившие их для советских властей являются людьми второго сорта. Это, а также нерадостные сообщения от тех, кто все-таки попал в Советскую Россию, заставило многих отказаться от паспортов СССР и попытаться поискать лучшей доли в других странах. Правда, японские власти объявили, что «бросать советские паспорта сов. подданные, быв. эмигранты могут, но их по-прежнему будет правительство считать советчиками, и в сертификатах, выдаваемых полицейскими властями, ставилась отметка «СССР».
Русским эмигрантам в Японии в этот период помогали американцы, среди которых оказались и выходцы из России, например полковник Борис Паш. Он родился 20 июня 1900 г. в Сан-Франциско в семье православного священника Федора Пашковского и в 1906 г. вместе с отцом приехал в Россию. Досрочно закончив в 1917 г. Киевскую духовную семинарию, Пашковский-младший сражался против красных на флагманском линкоре Черноморской эскадры «Генерал Алексеев»: вначале матросом, а потом мичманом. После окончания Гражданской войны вся семья вернулась в Америку. Отец вскоре овдовел, после чего принял постриг с именем Феофил. Он стал епископом, потом архиепископом и митрополитом Америки и Канады.