Обер-фискал Нестеров, который много лет отличался ревностным преследованием всяких злоупотреблений, наконец и сам попался. Его оговорил ярославский провинциал-фискал Попцов, обвиненный в нарушении инструкции, данной фискалам, и за это после казненный смертью. Но после казни Попцова государь велел нарядить суд над Нестеровым; этот суд, состоявший под председательством генерал-прокурора Ягужинского, подверг Нестерова пытке и нашел, что Нестеров брал с Попцова взятки деньгами и вещами, брал взятки с других лиц по поводу определения их на воеводские места, наконец, брал и по кабачным откупам. На Нестерова начли 300000 рублей. Нестеров был приговорен к смерти и казнен в январе 1724 года на площади против коллегий. Петр, любивший зрелища подобного рода, стоял у окна камер-коллегии. Старик Нестеров, взойдя на эшафот, увидел государя, поклонился и закричал: "Виноват". Но помилования ему не было оказано; палачи тотчас начали его колесовать - ломали сперва одну руку, потом ногу, потом другую руку и другую ногу; истерзанный еще был жив в страшных страданиях. Майор Мамонов, от имени государя, подошедши к нему, сказал, что ему отрубят голову и прекратят его мучения, если он все покажет. Нестеров отвечал, что он уже все показал. Его потащили к плахе и положили лицом в кровь, вытекшую из голов двух казненных перед ним товарищей, а потом отрубили голову. Головы казненных были воткнуты на железные колья; обезглавленные тела их навязали на колеса. Тогда с Нестеровым было казнено девять человек, еще несколько наказаны кнутом и сосланы на галерные работы, а четырем из них вырвали ноздри. Петр приказал согнать на эту казнь всех подьячих, дабы они видели, что бывает за злоупотребления по должности. Вслед за тем Меншиков, бывший до того сильным, что сенаторы, вздумавшие сопротивляться его воле, подвергались опасности потерять жизнь, принужден был, по делу о незаконном присвоении земель и людей к своему владению в Малороссии, повиниться перед Петром и просить "милостивого прощения и отеческого рассуждения". "Он в беззакониях зачат, во грехах родился и в плутовстве скончает живот свой", - сказал о Меншикове Петр, однако простил его и опять ездил к нему обедать и пировать.
В 1723 году возникло знаменательное дело о малороссийском наказном гетмане Полуботке и малороссийской старшине. Учрежденная в 1722 г. малороссийская коллегия, состоявшая из шести штаб-офицеров, под председательством бригадира Вельяминова, очень не понравилась малороссам, и гетман Скоропадский, находившийся временно в Петербурге, представлял царю, что таким поступком нарушается смысл договора с Хмельницким, по которому Малороссия соединилась с Россиею. Петр не внял этой жалобе, а Скоропадский уехал на родину и скончался в июле 1722 года. До избрания нового гетмана, по старым малорусским обычаям, следовало назначить наказного гетмана из полковников, и таким наказным гетманом сделан был черниговский полковник Павел Полуботок. Петр недолюбливал его и не хотел, чтоб он был гетманом, а намеревался устроить в Малороссии другое правительственное учреждение, вместо гетманства. Не решивши вопроса о малороссийском правительстве, государь уехал в персидский поход. В его отсутствие старшина жаловалась в сенат на малороссийскую коллегию за то, что она, помимо старшины, рассылала по малороссийским полкам универсалы, в которых предоставляла черни, т. е. простым казакам и посполитому народу, приносить в коллегию жалобы на несправедливость и утеснения, причиняемые первым от казацких чиновников, а второму от их помещиков. Эти универсалы, как и надобно было ожидать, стали тотчас сигналом к беспорядкам. Крестьяне не повиновались помещикам, буйствовали, и одному из казацких старшин и помещиков Забеле нанесли побои. Полуботок со старшиною, в видах сохранения спокойствия, выдал со своей стороны универсалы, внушавшие крестьянам долг повиновения к владельцам тех земель, на которых крестьяне проживали. Этот поступок наказного гетмана и старшины был формально противен царскому указу, запрещавшему посылать универсалы без согласия с малороссийскою коллегиею, и тем более казался недозволительным, когда универсалы, разосланные Полуботком, по своему содержанию, прямо были направлены против универсалов коллегии.