По возвращении Петра в Москву из похода, прислана была из Малороссии царю просьба об избрании настоящего гетмана. Петр не исполнил желания малороссов, но издал указ о назначении в малороссийские казачьи полки, вместо выборных полковников, как было прежде, новых полковников из великороссов, а сенат по царскому приказанию секретно поручил Вельяминову побудить малороссиян просить у царя, как милости, чтобы суд в Малороссии производился по великорусскому Уложению и по царским указам. Затем Полуботка с генеральным писарем Савичем и генеральным судьею Чарнышем потребовали в Петербург к ответу. Здесь в тайной канцелярии сделан был им придирчивый допрос. Малороссияне оправдывали свою рассылку универсалов о повиновении подданных владельцам тем, что поспольство, возбуждаемое дозволением жаловаться на властей, начало уже волноваться: необходимо было остановить своевольство простонародия и не допустить до всеобщего мятежа. Кроме того, в тайной канцелярии Полуботку и старшинам показали разные жалобы, последовавшие на них от разных малороссов. Жалобы эти, лишенные улик, были совершенно бездоказательны; однако 10 ноября 1723 года государь приказал препроводить в крепость Полуботка, Савича и Чарныша с толпой казаков и служителей, приехавших с ними в Петербург. Петру, по политическим соображениям, как видно, хотелось обвинить малороссийских старшин в государственном преступлении: он был ими недоволен за то, что они добивались выбора гетмана и сохранения прав малороссийского края. Явилось письмо от черниговского епископа Иродиана к епископу псковскому Феофану. Иродиан писал, что слыхал от какого-то Борковского о сношениях Полуботка с изменником Орликом, приходившим с ордою в Украину. Но розыск, сделанный об этом киевским губернатором князем Трубецким, по указу из тайной канцелярии, не привел дела в ясность: "понеже за страхом от Полуботка не объявляют правды". Петр отправил в Малороссию майора Румянцева, приказал ему собирать казаков и всяких людей и сказать им, чтоб они без всякой опасности для себя ехали обличать Полуботка; вместе с тем Румянцев должен был заручиться от малороссийских казаков заявлением, что ни они, ни малороссийское поспольство вовсе не желают избрания гетмана, что челобитная об этом государю составлена без их ведома старшиною, что они желают, чтоб у них полковниками были велико-россияне. Румянцев, оказавший уже Петру вместе с Толстым важную услугу доставкою из Неаполя беглого царевича, и теперь в Малороссии исполнил царское поручение так, как только мог угодить Петру. Он извещал, что в разных малороссийских городах он собирал сходки и везде слышал отзывы, что простые казаки не знают о челобитной, гетманства не хотят вовсе и очень довольны тем, что им назначают в полковники великоруссов, вместо природных малороссиян. Заключенные в крепость малороссияне, Полуботок с товарищами, не были уже освобождены Петром. Полуботок умер в тюрьме, а товарищи его получили свободу уже при Екатерине 19. Наши историки представляют это дело в таком виде, как будто Петр заступался здесь за многих обижаемых и утесняемых в Малороссии Полуботком и старшиною; но из дела не видно ни малейших доказательств виновности в чем бы то ни было этих лиц, и они представляются скорее жертвами государственных соображений правительства, желавшего всеми средствами уничтожить отдельную самостоятельность Малороссии и теснее соединить ее с другими частями империи.