Тогда началось у Феофана небезопасное для него дело с бывшим архимандритом Маркеллом Родышевским, до того времени находившимся прежде в приближении у Феофана. Этот Маркелл сообщил Феофану, что какой-то солдат на улице сделал ему намек о колокольном набатном звоне, за которым должен последовать народный мятеж, с целью погубить духовных, подозреваемых в неправославии и поругании святых икон. Феофан донес об этом правительству, и так как донесенное ему Маркеллом касалось народного возмущения, то Феофан сдал Маркелла в страшный Преображенский приказ. Там Маркелл начал наговаривать на Феофана, показывая, между прочим, что он дурно отзывался об императрице. Немного спустя, Маркелл начал сыпать на Феофана в 47 пунктах обвинения в неправославии, которое, по его объяснению, высказалось во многих сочинениях Феофана; Маркелл указывал, будто из этих сочинений видно, что автор их думает, что христианин может оправдаться перед Богом верою, а не делами с верою, что он не признает, как следует, творений святых отцов, не почитает икон, называет суеверием водоосвящение, смеется над акафистами, порочит минеи, прологи и кормчую книгу, держит у себя в доме музыку, говорит, что хорошо было бы ввести ее в церквах и прочее. Тайная канцелярия взяла с Феофана подробное и письменное опровержение таких обвинений, но кто знает, как бы Феофан тогда отделался, если бы, на его счастье, не пал скоро Мен-шиков, находившийся уже не в дружелюбном отношении к новгородскому архиепископу, и потому мирволивший Родышевскому. С падением Меншикова, Феофан уже смелее и резче прежнего опровергал своего противника Родышевского, освобожденного из Преображенского приказа по распоряжению верховного тайного совета и проживавшего в Невском монастыре. В январе 1728 года Маркелл бежал оттуда в Москву, был пойман по распоряжению Феофана и привезен в Синод, но тут объявил за собой "государево слово" и был снова взят в Преображенский приказ, где продолжал писать на Феофана доносы; потом его отпустили в Симонов монастырь и приказали содержать под караулом, но караул этот не был строг. К этому времени двор переехал в Москву, совершилась коронация Петра II, затем - его смерть, призвание на престол Анны Ивановны. Потрясения, происходившие тогда одно за другим, многих погубили, но Феофан только пользовался ими, чтобы крепче утвердиться. Ловкий и проницательный, он смекнул, что затеи членов верховного тайного совета ограничить самодержавие со вступлением Анны на престол не осуществятся, что самодержавие слишком приросло к общественной русской жизни, и, несмотря на все свои подписки и обещания, Анна возвратит русскому престолу известную форму, от которой ее принуждали отречься. Феофан стал на сторону противников верховного совета; не смея пока открыто действовать против него, Феофан молчал, когда нужно было еще молчать, втайне смеялся над верховниками и побудил, прежде совершения присяги в смысле нового образа правительства, прочитать публично форму этой присяги. Верховники, не смея, со своей стороны, резко заявить своих намерений, создали тогда такую форму присяги, которую присягавшие не вполне, так сказать, раскусили. Феофану этого и было нужно, чтобы потом была возможность толковать, что дело понималось совсем не так, как его хотели представить сторонники ограничения царской власти.
Когда Анна была встречаема в Москве, Феофан не посмел высказать ей публично того, что было бы ей приятно, но в своей речи, которую произносил перед нею, вставил несколько двусмысленных выражений, на которые впоследствии можно было указать, как на свидетельство его верности самодержавию. Есть известие (неизвестно - верно ли), что Феофан подарил Анне столовые часы, в которых под доскою государыня могла найти начертанное Феофаном наставление, как поступать ей. Не долго пришлось Феофану таиться и вилять. По просьбе, представленной разом несколькими стами человек из шляхетства, Анна отреклась от условий, на которых принуждена была принять престол от верховного совета, разорвала их публично, и самодержавная власть государя была восстановлена в России на прежних, стародавних основах. Феофан спешил и в речах и в стихах прославить это событие, подсмеиваясь над неудавшимися затеями и угрожая тем, которые бы когда-нибудь вздумали повторить подобные затеи:
Всяк, кто ни мыслит вводить строй отманный,
Бойся самодержавной, прелестницы, Анны:
Как оная бумажка вси твои подлоги.
Растерзанные, падут под царские ноги.
В наступившее царствование, Феофану опять, до самой своей смерти, пришлось бороться с кознями своих врагов.