Родышевский, проживая в Симоновом монастыре, сошелся с духовником государыни, троицким архимандритом Варлаамом, с бывшим директором типографии Аврамовым, занимавшимся при Петре писанием истории, и с другими лицами. Было намерение повредить Феофану через посредство духовника государыни. Но все козни не удались. Родышевский написал житие Феофана, стараясь выставить в самом дурном свете своего противника, а главное - обвинить его в неправославии. Тот же неугомонный Родышевский составил огромную критику на духовный регламент и на объявление о монашестве; Родышевский силился разбить взгляд Петра на монашество, выраженный в указе, в котором излагался проект нового преобразования монастырей. Маркелл прямо называл эти документы сочинением Феофана. Феофан, со своей стороны, написал ответ, защищая новый взгляд на монашество, но Маркелл не расчел того, что, поражая Феофана за такие сочинения, которые были изданы не от его имени, а как правительственные документы, он вызывал на борьбу с собой уже не Феофана, а правительство, и потому в январе 1732 года ему поставили это в вину и, по высочайшему повелению, сослали в заточение в Кирилло-Белозерский монастырь, разом с ним отправили Аврамова и еще двоих лиц в монастыри. Варлаам успел в пору увернуться.
Зато в 1732 году Феофан низложил своего злейшего врага Дашкова, который, будучи членом Синода и энергическим приверженцем старины, давно уже думал сделать вред Феофану, тем более, что у него были в душе честолюбивые мечты сделаться патриархом. Случилось, что Синод должен был судить воронежского архиерея Льва Юрлова за то, что, уже после вступления на престол Анны Ивановны, этот архиерей, вместо нее, поминал при богослужении мать Петра II, Евдокию Феодоровну, объясняя это впоследствии тем, что не получил указа от Синода о вступлении на престол новой государыни. Когда в Синоде собирались составить указ о том, чтобы воронежского архиерея арестовать и везти в Петербург, Георгий Дашков советовал помедлить, подождать нового доношения от воронежского губернатора по этому делу, а когда привезли Льва в Петербург, то последний показал, что он просил заступничества у Георгия Дашкова. Льва лишили сана и предали гражданскому суду, но и Георгия, как уличенного заступника его, удалили из синода в монастырь. Тогда Феофан поднял против Георгия дело о взятках в ростовской епархии; это дело решилось не в пользу Георгия, и Феофан испросил у государыни построже наказания виновному: его лишили сана и сослали в Каменный вологодский монастырь.
Пользуясь большим почетом у императрицы Анны, Феофан употреблял свое положение для того, чтобы вредить своим врагам и преследовать даже тогда, когда они находились в совершенном падении; Феофан был безжалостен не только к своим врагам, но не прощал и тем, которые оказывали сострадание к его бессильным врагам. Бывший некогда коломенским митрополитом, Игнатий Смола, сторонник Дашкова и давний недоброжелатель Феофана, был сослан в Свияжский монастырь за нерешительность в деле осуждения Льва. Его принял радушно казанский митрополит Сильвестр Холмский. За это, по настоянию Феофана, Игнатия выслали подалее на берег Северного моря, в Никольский корельский монастырь, для содержания под крепким караулом, а Сильвестра, у которого при обыске в бумагах нашли доказательства, что и он не менее Игнатия и Георгия питал злобу к Феофану, сослали в Крипецкий монастырь близ Пскова. Сильвестр объявил за собою "слово и дело" и привезен был в Москву; там он запутался в показаниях: тогда его лишили сана и сослали в заточение в Выборг. Дашков, сосланный в вологодский Каменный монастырь, принял схиму под именем Гедеона, но Феофан узнал, что его держат в монастыре с послаблением, и отправил секретно синодского обер-секретаря Дудина узнать об этом подробно. Оказалось, что монастырское начальство действительно обращалось с заточенным ласково. По этому поводу взяли под арест каменского архимандрита и казначея, привезли обоих в Петербург к суду Синода. Архимандрит, страшась пытки, умер в тюрьме; по показанию казначея, притянули к делу вологодского архиерея Афанасия Кондоиди, за то, что он переменил у Георгия Дашкова караульных служителей. Афанасий как-то отделался от беды и, воротившись в свою епархию, начал содержать Дашкова уже с такою строгостью, что даже сам Синод приказал сделать послабление осужденному. Дашков от тоски заявил, что у него есть "государево слово и дело", но Синод, руководимый Феофаном, не обратил внимания на это заявление низложенного архиерея и приказал сослать его в Нерчинский монастырь в той надежде, что, находясь в такой дали, он уже не будет беспокоить правительство.