Император Петр Третий вознамерился устроить под личным своим руководством и призрением комиссию или совет из приближенных лиц. Это было что-то вроде прежнего кабинета, высшее правительственное учреждение, посредствующее между верховною особою и правительствующим сенатом. Миних был в числе членов этого совета. Миних делал предложение дать ему место или сибирского губернатора, или главноначальствующего над каналами и портами. Государь не исполнил ни того, ни другого из его желаний, отложивши это до будущего времени. Петр III, назначив ему из казны жалованье по чину фельдмаршала, подарил ему меблированный дом, купленный у Нарышкина, и послал жене Миниха в подарок двести империалов, составлявших две тысячи рублей, на излечение от болезни, на которую, как узнал государь, графиня Миних жаловалась в то время. Пребывание в Пелыме долго оставляло на ее нервы болезненное влияние; некоторое время она не могла преодолеть себя и всегда приходила невольно в волнение и беспокойство всякий раз, когда отворялись двери, где она находилась. Кроме милостей от императора, возвратившего ему и его прежние поместья, ему оказал внимание и прусский король. Бирон в 1734 году в прусских владениях купил баронство Вартемберг. После ссылки Бирона оно было конфисковано и отдано Миниху, а когда чрез год после того сослан был и Миних, прусский король велел взять его временно в казну. Но по возвращении Миниха и Бирона, оба стали добиваться возврата себе этого имения. Прусский король принял на себя в этом вопросе посредничество и решил возвратить Вартемберг прежнему владельцу Бирону, а прежний владелец, получая его обратно, должен был заплатить Миниху 25000 талеров, и сверх того, Миних от прусского правительства получил двенадцать тысяч талеров за доходы, собираемые с этого имения во время своей ссылки, и 50 000 талеров за вновь прикупленные к нему поместья.
Миних не совсем сошелся с новым государем. Во-первых, он не одобрял войны с Данией, которую замышлял вести русский государь за интересы своего голштинского дома, совершенно чуждые России. Во-вторых - он не одобрял намерения государя переодеть все русское войско на прусский образец и вообще отнюдь не мирволил его немецким симпатиям, которые, как известно, оскорбляли русских и стали поводом к тому охлаждению русской нации, которое в критические минуты, скоро наступившие для этого государя, лишили его опоры и в войске, и в народе. Это тем более замечательно, что Миних был всегда истый немец, но как человек благоразумный и слишком знавший дух русский, видел, что немцелюбие не приведет к добру государя. За смелые возражения Петр уже стал показывать к нему холодность, и Миних совсем расходился уже со своим государем-благодетелем.
Но вот настало страшное для Петра III 28 июня 1762 года. Государь стоял в открытой борьбе со своею супругою. В это время он с своей голштинской силой шел на Петергоф и узнал, что императрица уже в Петербурге, а войска русские принимают ее сторону. Слабодушный государь растерялся. Он грозил уничтожить Екатерину, и в то же время послал к ней канцлера Воронцова с мирными предложениями. А окружавшие его не могли поддержать в нем присутствие духа. Один Миних явился тогда героем. Он один дал государю спасительный совет. "Ваше величество, - говорил он, - не дождетесь посланного Воронцова: он останется при императрице. На ее стороне двадцать тысяч войска, а мы что можем ему противопоставить: каких-нибудь тысячи три голштинцев, да еще, может быть, толпу необученных мужиков, которых, быть может, удастся нам поднять из деревень на защиту государя; в Петергофе мы не можем обороняться, в Ораниенбауме - только на короткое время и слабо. Я ведь знаю русских солдат. Малейшее сопротивление подвергнет жизнь вашего величества опасности. В Кронштадте надобно искать спасения. Там найдем и многочисленный гарнизон, и флот. Овладевши Кронштадтом, мы принудим покориться и Петербург".