Екатерина, вообще обладавшая редким даром узнавать людей и поручать им соответствующие их способностям должности, нашла, что Миних в своей старости способнее всего обратиться к такой области деятельности, в какой начал свою службу в России. Сам Миних, как нам кажется, направил государыню к этому. По крайней мере, он еще Петру Третьему делал предложение назначить его либо сибирским губернатором, либо начальником над каналами и портами. Екатерина назначила его главноначальствующим над портами: Рогервикским, Ревельским, Нарвским, Кронштадтским и над Ладожским каналом.
Он с энтузиазмом принялся за приведение к окончанию постройки Рогервикской гавани. Он видел в ней важное значение для безопасности Русского государства. "Рогервик, - писал он императрице из Ревеля, - оплот против шведов и всех завистников России. Непременно следует достроить там гавань, а если ваше величество не окажете внимания к этому славному и полезному предприятию, то мне останется удалиться в бедную хижину и там кончать свои дни!" Он требовал пособия, денег и людей на работы, требовал также надлежащего числа инженеров и секретарей. Работы производились осужденными преступниками, их было недостаточно; Миних домогался, чтобы ему отрядили для работ несколько полков солдат. Екатерина хоть и была постоянно внимательна к почтенному неутомимому старику, но, занятая разнообразными делами по управлению, не могла отдаваться этим вопросам в такой степени, как Миних, и старик был этим, очевидно, недоволен. Между тем он сообщал ей в то же время о разных подмеченных злоупотреблениях. Так, например, он докладывал, что в Нарве собирают пошлину с проходящих английских и голландских торговых судов, назначаемую на содержание в порядке нарвской гавани, но собранные деньги истрачиваются совсем не на то, к чему предназначены. "Нарва, - писал он, - первый город, отнятый Петром Великим у шведов на балтийском побережье, Нарва - это ворота России к Европе. Нарва была цветущим городом, а теперь упала".
Рогервикская гавань строилась по чертежу Миниха. Мол был заложен не на том месте, где находился, когда его начинали делать шведы, и не в той величине, как прежде: он должен был протягиваться на восемьсот шагов в море, а на его оконечностях возведены были два сильных больверка. Отверстие между этими двумя больверками составляло вход с моря в гавань. По обеим сторонам несколько шанцев и батарей должны были прикрывать вход в гавань и защищать мол; за ними предположили построить два моста - один на твердой земле для купеческих судов, другой на острову для кораблей военных. Утесистые берега надлежало взорвать порохом, а камни, оставшиеся от взрыва, употребить на устройство плотины, шанцев и для выравнивания некоторых неровностей. Таков был план Миниха, по которому приступлено к работам. В сентябре 1762 года он писал императрице: "В течение сорока лет работы мол был отделан на 79 тоазов, а с 17 августа по 5 сентября при мне в продолжение восемнадцати дней прибавлено было еще на тридцать один тоаз, следовательно, более трети целого, и уже мол был отделан на 109 тоазов. Вот успехи по новому образцу работ, мною указанному. У нас же немного рабочих рук: из числа тех, которые назначены к нам, одна часть служит при казармах на малой гавани, у генерал-майора Шиллинга, другая - при выгрузке провианта из галиот. С каким бы успехом пошло наше дело, если бы мне дали человек тысяч пять, - я прошу их и все напрасно! Вот если б делалась гавань внутри Петербурга - тогда иное дело, тогда бы все адмиралы были согласны со мной. А то - на балтийском порте, около 400 верст от столицы! Постройка здесь гавани понудит перенести сюда часть адмиралтейства. Кто-то в сенате обо мне сказал: фельдмаршал хочет в Рогервике сделать то, в чем искуснейшие люди уже находили для себя камень преткновения. Это говорит дух недеятельности и злобы! Петр Великий, поручая мне строение Ладожского канала, в сенате сказал: "Я нашел человека, который способен окончить канал по моему желанию. Я велю вам исполнять все, чего он потребует!"
В другом письме к императрице Миних так описывает свое положение: "Сон почти не смыкает глаз моих. Ем я очень мало. С разными планами я закрываю глаза и, снова проснувшись, обращаю к ним свои мысли. Меня беспокоит давняя геморроидальная болезнь, а иногда делаются лихорадочные припадки, по утрам сильный кашель с болями в груди. Но меня беспокоит то, что мне мало оказывают помощи в моих трудах и, напротив, делают все возможное, чтоб огорчать меня, нарочно доводят до крайности, чтоб заставить меня сделать какой-нибудь ложный шаг и чрез то лишиться милости своей государыни, хотя бы это произошло со вредом для государства". Миних старался убедить императрицу совершить поездку к балтийскому порту. Она совершила ее в 1769 году. Он привел ее на новоустроенный мол, показал ей свои сооружения, уже устоявшие против зимних бурь. Императрица благодарила его и приказывала продолжать работы.