Овладевая новыми землями, Иван Васильевич продолжал добивать Новгород. Там составился заговор против наместника Якова Захарьевича; подробности его неизвестны, но по этому поводу множество лиц было схвачено: иным отрубили головы, других повесили, а затем более семи тысяч житых людей было выведено из Новгорода. На другой год вывели и поселили в Нижнем еще до тысячи житых людей. Иван Васильевич вывел с новгородской земли тамошних землевладельцев и раздавал им поместья в Нижнем, Владимире, Муроме, Переяславле, Юрьеве, Ростове, Костроме, а в новгородскую землю переводил так называемых детей боярских с московской земли и там раздавал им поместья. Первоначально дети боярские были действительно потомки бояр, обедневшие и лишенные возможности поддерживать значение, какое имели их предки, но помнившие свое знатное происхождение, и потому вместо того, чтобы по примеру предков называться боярами, назывались только детьми их. Впоследствии этим именем стали называться служилые люди, получавшие земли с обязанностью нести службу; такое получение земли называлось «испомещением». Этою системою испомещений Иван Васильевич устроил новый род военного сословия; получавшие земли от великого князя приобретали их не в потомственную собственность, а пожизненно, с условием являться на службу, когда прикажут. Учреждение поместного владения не было новостью: по своему основанию оно существовало издавна, но Иван Васильевич дал ему более широкий размер, заменяя таким образом господство вотчинного права господством поместного. Мера эта была выгодна для его самодержавных целей: помещики были обязаны куском хлеба исключительно государю; земля их каждую минуту могла быть отнята; и они должны были заботиться заслужить милость государя для того, чтобы избежать несчастья потерять землю; дети их не могли по праву наследства надеяться на средства к существованию, и, подобно своим отцам, должны были только в милости государя видеть свою надежду. В 1489 году окончательно присоединена была Вятка. Сначала митрополит написал вятчанам грозное пастырское послание, в котором укорял их за образ жизни, несообразный с христианской нравственностью; потом великий князь отправил туда войско под начальством Данила Щени (из рода литовских князей) и Григория Морозова. Они взяли Хлынов почти без сопротивления. Иван Васильевич приказал сечь кнутом и казнить смертью главных вятчан, которые имели влияние на народ и отличались приверженностью к старой свободе; с остальными жителями московский государь сделал то же, что с новгородцами: он вывел с вятской земли землевладельцев и поселил в Боровске, Алексине, Кременце, а на их место послал помещиков московской земли; вывел он также оттуда торговых людей и поселил в Дмитрове.
Иван Васильевич щадил Псков, потому что Псков боялся его. Не раз испытывал он терпение псковичей и приучал их к покорности. Перед покорением Новгорода псковичи были очень недовольны московским наместником князем Ярославом Васильевичем: «От многих времен, – говорит местный летописец, – не бывало во Пскове такого злосердого князя». Четыре года тяготились им псковичи, умоляли Ивана Васильевича переменить его: долго все было напрасно: Иван Васильевич то нарочно тянул дело и откладывал свое решение, то брал сторону своего наместника. Когда вражда к этому наместнику во Пскове дошла наконец до драки между его людьми и псковичами, тогда великий князь обвинил псковичей, хотя и видел, что виноват был наместник. Вслед за тем он вывел этого наместника и положил на него свой гнев, но давал псковичам знать, что делает это по своему усмотрению, а не по просьбе псковичей. После покорения Новгорода Иван Васильевич обещал псковичам держать их по старине; «а вы, наша отчина, – прибавил он, – держите слово наше и жалование честно над собою, знайте это и помните». И действительно, псковичи старались помнить это и заслужить милость великого князя. Братья великого князя, призванные псковичами для защиты от немцев, прибыли во Псков со своими ратями. Вдруг псковичи узнали, что они поссорились со старшим братом. Тогда псковичи не только просили их удалиться, но даже не позволили оставить во Пскове их жен и детей. Иван, однако, не выказал псковичам большой благодарности за такое послушание: псковичи жаловались на бесчинные поступки великокняжеских послов, а Иван Васильевич сделал псковичам же за эту жалобу строгий выговор и оправдал своих послов.