Но прошел год, и все изменилось. Иван Васильевич помирился с женою и сыном, охладел к Елене и внуку, разгневался на своих бояр, противников Софии. Самолюбие его было оскорблено тем, что Патрикеев и Ряполовские взяли большую силу; вероятно, Иван Васильевич хотел показать и себе самому и всем другим свою самодержавную власть, перед которою все без изъятия дожны поклоняться. 5 февраля 1498 года князю Семену Ряполовскому отрубили голову на Москве-реке за то, что он «высокоумничал» с Патрикеевым, как выражался Иван. Та же участь суждена была Патрикеевым, но митрополит Симон выпросил им жизнь. Князь Иван Юрьевич Патрикеев и старший сын его Василий должны были постричься в монахи, а меньшой Иван был посажен под стражу.
После того Иван Васильевич провозгласил своего сына великим князем государем Новгорода и Пскова. Такое странное выделение двух земель поразило псковичей, недавно признавших своим будущим государем Димитрия Ивановича. Они не понимали, что все это значит, и решили послать троих посадников и по три боярина с конца к великому князю за объяснениями. «Пусть, – били они челом, великий государь держит свою отчину по старине: который будет великий князь на Москве, тот и нам был бы государем». В то же время псковичи не дозволили приехавшему к ним владыке Геннадию поминать на ектеньях Василия. Великий князь принял псковских послов гневно и сказал: «Разве я не волен в своих детях и внуках? Кому хочу, тому и дам княжение». С этим ответом он послал назад во Псков одного из посадников, а прочих послов засадил в тюрьму. Псковичи покорились, позволили поминать в церкви Василия и послали новых послов с полною покорностью воле великого князя. Тогда Иван Васильевич переменил тон, сделался ласковым и отпустил заключенных.
Венчанный Димитрий продолжал несколько времени носить титул великого князя владимирского и московского, но находился с матерью в отдалении от деда; наконец, 11 апреля 1502 года государь вдруг положил опалу на него и на его мать. Как видно, в этом случае действовали внушения не только Софии, но и духовных лиц, обвинявших Елену в том, что она принимала участие в явившейся в то время «жидовской ереси». Василий объявлен был великим князем всея Руси. Запретили поминать Димитрия на ектеньях. Через два года Елена умерла в тюрьме в то самое время, когда только что в Москве совершены были (1504 г.) жестокие казни над еретиками. Несчастный сын ее должен был пережить мать и деда и изнывать в тяжком заключении по воле своего дяди, преемника Иванова. Событие с Димитрием и Василием было проявлением самого крайнего, небывалого еще на Руси самовластия; семейный произвол соединялся вместе с произволом правительственным. Ничем не осенялся тот, кто был в данное время государем: не существовало права наследия; кого государь захочет, того и облечет властию, тому и передаст свой сан; венчанный сегодня преемник завтра томился в тюрьме; другой, сидевший в заключении, возводился в сан государя; подвластные земли делились и соединялись по произволу властелина и не смели заявлять своего голоса. Государь считал себя вправе раздать по частям русскую землю кому он захочет, как движимое свое имущество. В это время Иван Васильевич, привыкший так долго повелевать и приучивший так долго и многообразно всех повиноваться себе, выработался окончательно в восточного властелина: одно его явление наводило трепет. Женщины – говорят современники – падали в обморок от его гневного взгляда; придворные, со страхом за свою жизнь, должны были в часы досуга забавлять его, а когда он, сидя в креслах, предавался дремоте, они раболепно стояли вокруг него, не смея кашлянуть или сделать неосторожно движения, чтоб не разбудить его. Таков был Иван Васильевич, основатель московского единоначалия.
В последние годы XV века Иван Васильевич, заключивши союз с Данией, в качестве помощи союзникам, вел войну со Швецией: война эта, кроме взаимных разорений, не имела никаких последствий. Важнее был в 1499 поход московского войска в отдаленную Югру (в северо-западный угол Сибири и восточный край Архангельской губернии). Русские построили крепость на Печоре, привезли взятых в плен югорских князей и подчинили югорский край Москве. Это было первым шагом к тому последовательному покорению Сибири, которое решительно началось уже с конца XVI века.