Выборное земское начало, так широко развившееся в этот короткий промежуток времени, естественно, не могло достигнуть полной независимости, и только с течением времени могли разрешиться чрезвычайно сложные вопросы по управлению, вызывавшие вмешательство царских чиновников. Еще большая масса служилых подлежала суду наместников и волостелей. Когда происходили ссоры между волостями и частными владельцами, и волости обращались с жалобою к царю, то царь, естественно, возлагал разбирательство дела на таких лиц, от которых выборное право освобождало посадских и крестьян. То же было и тогда, когда волостные крестьяне тягались между собою; тогда малые деревни, не будучи в состоянии противостать большинству, обращались сами под защиту суда наместников. Наконец, люди, управлявшиеся выборными властями, находились во власти царских чиновников по государственным повинностям, какими, например, были: городовое дело, посошная служба и т. п. При этом следует заметить, что везде принимались во внимание местные условия, права и обязанности, чрезвычайно разнообразившие отношения жителей как к государству, так и взаимно между собою.
Вслед за земскими учреждениями приступлено было к церковному устройству. В 1551 году собрался собор для пересмотра порядков церкви, ее управления и религиозных обычаев. При открытии собора Иван говорил длинную речь, каялся в своем прежнем поведении и приглашал содействовать ему в управлении государством как духовенство, так и светских людей. Иван был настроен тогда в духе крайнего смирения и говорил совершенно противоположное тому, что он высказывал впоследствии в защиту своего самодержавия. Выше всего он почитал тогда церковь и отдавал ей на рассмотрение даже все земское устройство, составленное по Судебнику и Уставным грамотам. Акты этого знаменитого собора дошли до нас в форме вопросов, предлагаемых от имени царя на соборе, и ответов на эти вопросы, заключающих в себе соборные приговоры. Так как этих вопросов и ответов было сто, то и собор получил в истории название Стоглава.