Монастыри с существовавшими в них злоупотреблениями составили одну из главных забот Стоглавного собора. Наделенные селами и пользуясь большими доходами, монастыри были земным раем для своих начальствующих лиц, которые всегда могли принудить к молчанию своих подчиненных лиц, если бы со стороны последних раздавались обличения. Архимандриты и игумены окружали себя своими родными и клевретами и превращали монастырское достояние в выгодные для себя аренды. Их родня под именем племянников поселялась в монастырях; настоятель раздавал им монастырские села, посылая их туда в качестве приказчиков. Управление монастырскими имениями, вместо того чтобы производиться собором старцев, зависело от произвола одного настоятеля. В его безусловной власти находились и братия, и священнослужители монастырских сел и часто терпели нужду, хотя и находились в ведомстве очень богатого монастыря, так как никто из них не пользовался доходами и не смел требовать участия в пользовании. Зато настоятели жили в полном удовольствии. В редких монастырях удерживалось общежитие в строгой его форме: если где и была скудная трапеза, то разве для бедняков, питавшихся от крупиц, падавших со стола властей. Нередко вкладчики, в порыве благочестия, отдавали в монастырь все свое достояние с тем, чтобы там доживать свою старость; лишившись добровольно имущества, они терпели и голод, и холод, и всяческие оскорбления от властвующих, которые не дорожили ими, зная, что с них, после отдачи всего в монастырь, уже более нечего взять. Зато те, которые хотя и отдали в монастырь часть своего достояния, но оставили значительный запас у себя, пользовались вниманием и угодливостью. В монастырях курили вино, варили пиво и меды, отправлялись пиры; в монастыри приезжали знатные и богатые господа, и настоятели раболепствовали пред ними, стараясь что-нибудь выманить от них. Вольное обращение с женским полом доходило до большого соблазна: были монастыри, в которых чернецы и черницы жили вместе. Нередко можно было встретить в монастырях мальчиков, „ребят голо-усых“, как выражались в то время.
От деспотизма и алчности настоятелей, вообще снисходительных к себе и строгих к другим, нередко братия уходила из монастыря; бедняки иногда скитались с места на место, не находя приюта; в других монастырях их принимали неохотно; иные находили себе убежище у мирских церквей, построенных христолюбцами не для прихода, а для себя. Таких церквей было множество, но большая часть их стояла пустою. То была своеобразная черта русского благочестия: состроить церковь ради спасения своей души вследствие какого-нибудь сна или видения, назначить „ругу“ на содержание ее, то есть на свечи, просфоры и вино, договорить какого-нибудь бродячего монаха, а то и светского иерея, которых тогда также скиталось немало на Руси, а впоследствии порывы благочестия минуют, – в церкви нет служения, и договоренный священник не может служить и жить при церкви, потому что ему перестали давать содержание! Часто бродячие чернецы и в особенности черницы промышляли пророчествами и видениями; нагие, босые, с отрощенными и нечесаными волосами ходили они по селам и погостам, привлекали своим появлением толпу, всенародно тряслись, бились, кричали, что им являлись Святая Пятница или Святая Анастасия и будто бы заповедали им объявить всем христианам, чтобы в среду и пятницу ничего не делали, чтоб женщины не пряли, белья не мыли и камня не разжигали и т. п. Случалось, что бродяга-чернец строил маленькую деревянную церковь, ходил просить милостыню, выпрашивал себе ругу, постоянное содержание, а потом пропивал все собранное им.