11 июня 1677 года боярин Иван Богданович Милославский, призвавши Матвеева с сыном в съезжую избу, объявил ему, что царь приказал лишить его боярства, отписать все поместья и вотчины к дворцовым селам, отпустить на волю всех его людей и людей его сына и сослать Артамона Сергеевича, вместе с сыном, в Пустозерск. Вслед за тем отправлены были в ссылку двое братьев царицы Натальи Кирилловны, Иван и Афанасий Нарышкины. Первого обвинили в том, что он говорил человеку, по фамилии Орлу, такие двусмысленные речи: «Ты Орел старый, а молодой Орел на заводи летает: убей его из пищали, так увидишь милость царицы Натальи Кирилловны». Эти слова были объяснены так, будто они относились к царю. Нарышкина присудили бить кнутом, жечь огнем, рвать клещами и казнить смертью, но царь заменил это наказание вечною ссылкою в Ряжск.
В первые годы своего царствования Федор Алексеевич находился в руках бояр, врагов Матвеева. Наталья Кирилловна с сыном жила в удалении в селе Преображенском и находилась постоянно под страхом и в загоне. В церковных делах самовольно управлял всем патриарх Иоаким, и царь не в силах был воспрепятствовать ему притеснять низложенного Никона и отправить в ссылку царского духовника Савинова. Патриарх Иоаким заметил, что этот близкий к особе царя человек настраивает молодого государя против патриарха, созвал собор, обвинил Савинова в безнравственных поступках, и Савинов был сослан в Кожеезерский монастырь; царь должен был покориться.
Русские послы. По А. Олеарию.
Политика Москвы в первых годах Федорова царствования обращалась главным образом на малороссийские дела, которые впутали Московское государство в неприязненные отношения к Турции. Чигиринские походы, страх, внушаемый ожиданием нападения хана в 1679 г., требовали напряженных мер, отзывавшихся тягостно на народе. Целые три года все вотчины были обложены особым налогом по полтине со двора на военные издержки; служилые люди не только сами должны были быть готовы на службу, но их родственники и свойственники, а с каждых двадцати пяти дворов их имений они должны были поставлять по одному конному человеку. На юго-востоке происходили столкновения с кочевыми народами. Еще с начала царствования Алексея Михайловича, калмыки, под начальством своих тайшей, то делали набеги на русские области, то отдавались под власть русского государя и помогали России против крымских татар. В 1677 году вспыхнула ссора между калмыками и донскими казаками; правительство приняло сторону калмыков и запрещало казакам беспокоить их; тогда главный калмыцкий тайша, или хан, Аюка, с другими подначальными ему тайшами под Астраханью дал русскому царю шертную грамоту, по которой обещался от имени всех калмыков находиться навсегда в подданстве московского государя и воевать против его недругов. Но такие договоры не могли иметь надолго силы: донские казаки не слушали правительства и нападали на калмыков, отговариваясь тем, что калмыки первые нападали на казачьи городки, брали в плен людей, угоняли скот. Калмыки, со своей стороны, представляли, что мир нарушен казаками, царскими людьми, а потому и шерть, данная царю, уже потеряла силу, и отказывались служить царю. Аюка стал переговариваться и дружить с крымским ханом, а его подчиненные нападали на русские поселения. Пределы Западной Сибири беспокоили башкиры, а далее, около Томска, делали набеги киргизы. В Восточной Сибири возмутились якуты и тунгусы, платившие ясак, выведенные из терпения грабительствами и насилиями воевод и служилых людей, но были укрощены.
В народе не утихало волнение, возбужденное расколом, напротив, все более и более принимало широкий размер и мрачный характер. Фанатики заводили пустыни, завлекали туда толпы народа, поучали его не ходить в церковь, не креститься тремя перстами, толковали, что приближаются последние времена, наступает царство Антихриста, скоро затем мир сей постигнет конец, и теперь благочестивым христианам ничего не остается, как отрекаться от всех прелестей мира и добровольно идти на страдание за истинную веру. Такие пустыни появлялись во многих местах на севере, на Дону, но особенно в Сибири. Воеводы посылали разгонять их, но фанатики сами сжигались, не допуская к себе гонителей, и в этом случае оправдывали себя примером мучеников, особенно Св. Манефы, которая сожглась, чтоб не поклониться идолам.
В 1679 году царь Федор Алексеевич, уже достигший семнадцатилетнего возраста, приблизил к себе двух любимцев: Ивана Максимовича Языкова и Алексея Тимофеевича Лихачева. Это были люди ловкие, способные и, сколько можно заключить по известным нам событиям, добросовестные. Языков был назначен постельничьим. Молодой царь, воспитанный Симеоном Полоцким, был любознателен, посещал типографию и типографскую школу, любил читать и поддавался мысли своего учителя Симеона образовать высшее училище в Москве. Мало-помалу становится заметнее усиление правительственной деятельности.