Тем не менее Петр стал царем. Опека над ним, по московскому обычаю, принадлежала его матери. Царица Наталья Кирилловна стала центром правительства. Но подле нее не было искренне преданных помощников и руководителей: Матвеев еще не вернулся в Москву из ссылки, братья царицы не отличались необходимыми для правления способностями и опытом. Таким образом, новое правительство было слабо. Этим и воспользовалась сторона Милославских, среди которых было много выдающихся лиц. Главным представителем этой партии была царевна Софья, ученица Симеона Полоцкого, личность, безусловно, умная и энергичная, которой душно было в тесной полумонашеской обстановке, окружавшей московских царевен: образование расширило ее умственный кругозор, выработало в ней широкие запросы жизни, а отсутствие стесняющего внешнего авторитета родительской власти позволило Софье искать ответы на эти вопросы вне терема. Она тесной сердечной связью сблизилась с замечательнейшею личностью того времени князем В.В. Голицыным и вмешивалась в общественную жизнь. Кровными узами привязанная к дворцовой партии Милославских, Софья прониклась ее интересами. Как сильная и страстная натура, она лучше и сильнее всего чувствовала эти интересы и стала руководительницею этой партии. Противники (то есть Нарышкины, и более всех Наталья Кирилловна) были ей ненавистны, как обидчики ее и ее родных. В то же время очень развитое честолюбие Софьи показывало ей возможность в случае воцарения Ивана стать во главе государства опекуншею неспособного брата, заменить ему мать, управлять государством. С воцарением Петра место это было занято Натальей Кирилловной, которая видела, конечно, в Софье свою соперницу; отсюда взаимная ненависть мачехи и падчерицы. Кроме Софьи, у Милославских был другой способный человек, И.М. Милославский, падкий на интригу, изворотливый и лишенный твердых нравственных понятий. За Милославским стоял родовитый Гедиминович, князь И.А. Хованский, который не столько дружил с Милославскими, сколько не любил их противников. Но Хованский и Голицын не были деятельными участниками той политической интриги, которая была ведена в мае 1682 года преимущественно Софьей и Милославскими против Нарышкиных.
В последние дни царя Феодора и в первые дни царствования Петра московские стрельцы пришли в некоторое движение. Стрелецкое войско было переформировано в полки, носившие название по фамилиям полковников. Жило оно изолированно от прочего населения Москвы, в особых стрелецких слободах в разных частях города. И сами стрельцы, и их семьи, помимо службы, занимались промыслами и мелкой торговлей. Поэтому стрельцы, имея военную организацию, в то же время не были замкнуто живущим военным сословием, а сохраняли живые связи с остальным московским населением. В начале 1682 года главным начальником стрелецкого войска был князь Юрий Алексеевич Долгорукий, «развалина от старости и паралича», как характеризует его С.М. Соловьев. Он не мог поддержать должной дисциплины. Полковники стрелецкие начали притеснять стрельцов, стрельцы на злоупотребления властью отвечали нарушением порядка. В грубой форме заявляют они протест против притеснений, подавая с ругательствами челобитья на начальников и употребляя силу для освобождения наказанных товарищей. Это движение началось еще при Феодоре, а при новом правительстве выразилось довольно резко: сразу от шестнадцати полков подана была во дворец челобитная на полковников с угрозою, если не накажут полковников, расправиться с ними самосудом. Правительство Натальи Кирилловны сделало промах: вместо спокойного исследования дела оно с испугу уступило стрельцам и, уволив полковников, взыскало с них все денежные к ним претензии стрельцов. Уступка разнуздала стрельцов окончательно, дисциплины не стало, самосудом расправились они со всеми неприятными им начальниками. Полный беспорядок царил в слободах. С переменою правительства стрельцы почувствовали, что они сила, которой боятся даже во дворце.