Из лавры Петр и руководящие им лица потребовали от Софьи отчета в вооружениях 7 августа и присылки депутаций от всех стрелецких полков. Не отпустив стрельцов, Софья отправила к Петру патриарха Иоакима как посредника для перемирия. Но преданный Петру патриарх не вернулся в Москву. Петр вторично потребовал представителей от стрельцов и от тяглых людей Москвы. На этот раз они явились в лавру наперекор желаниям Софьи. Видя, что сопротивляться Петру невозможно, что в стрельцах нет поддержки, Софья сама едет к Троице мириться с Петром. Но ее возвращают с дороги именем Петра и угрозой, если она приедет к Троице, обойтись с нею «нечестно». Возвратясь в Москву, Софья пробует поднять стрельцов и народ на Петра, но терпит неудачу. Стрельцы сами заставляют Софью выдать Петру Шакловитого, которого он потребовал. Лишается Софья и князя В.В. Голицына; после выдачи Шакловитого Голицын добровольно явился в лавру, и ему от Петра была объявлена ссылка в Каргополь (позднее в Пинегу) за самоуправство в управлении и за нерадение в Крымском походе. Шакловитый подвергся допросу и пытке, повинился во многих умыслах против Петра в пользу Софьи, выдал многих единомышленников, но не признался в умысле на жизнь Петра. С некоторыми близкими ему стрельцами он был казнен (11 сентября). Не избег казни и преданный Софье Сильвестр Медведев. Обвиненный, как еретик и государственный преступник, он сперва был приговорен к ссылке, но позднее (1691), вследствие новых на него обвинений, казнен.
Вместе с участью друзей Софьи, решилась и ее участь. Расправляясь с этими друзьями, Петр написал своему брату Ивану письмо о своих намерениях: «Теперь, государь братец, настает время нашим обоим особам Богом врученное нам царство править самим, понеже пришли есмы в меру возраста своего, а третьему зазорному лицу, сестре нашей, с нашими двумя мужескими особами в титлах и в расправе дел быта не изволяем... Срамно государь, при нашем совершенном возрасте тому зазорному лицу государством владеть мимо нас». Так высказывал Петр свое желание отстранить Софью и вступить во власть, а немного позднее этого письма Софья получила от Петра прямое приказание идти в монастырь. Повинуясь необходимости, она переехала на житье в Новодевичий монастырь (под Москвой), но в монахини не постриглась.
Так осенью 1689 года кончилось правление Софьи. Цари стали править без опеки, или, точнее, при больном и слабоумном Иване правил один Петр со своими близкими.
Годы 1689-1698
С 1689 года Петр стал самостоятельным правителем безо всякой видимой опеки над его личностью. Но только с 1698 года приблизительно можем мы заметить с его стороны определенные стремления к государственной и культурной реформе. До тех же пор Петр заканчивает свое образование и только приучается к политической деятельности. Вот почему время с 1689 по 1698 год мы выделяем в особый период, который и рассмотрим в беглом очерке.
С падением Софьи главными лицами в правительстве стали царица Наталья и патриарх Иоаким. Иностранные сношения (Посольский приказ) были поручены Льву Кирилловичу Нарышкину. Прежде влиятельный Борис Голицын потерял теперь свое влияние благодаря тому, что его заподозрили в желании смягчить участь князя В.В. Голицына. Сам Петр, оставив дела на руки матери и родных, возвратился к потехам и кораблестроению. Если же иногда он и вмешивался в жизнь двора и государства то при столкновениях со взглядами матери и патриарха должен был им уступать. Так новое правительство обнаруживало резкое нерасположение к иноземцам (вероятно, под влиянием патриарха), несмотря на то что Петр лично к ним благоволил. По смерти же патриарха Иоакима (1690) на его место был избран Адриан – положительно против воли Петра, предлагавшего другое лицо.