Род Годуновых был не из первостепенных родов и выдвинулся не родовою честью, а случайно только в XVI веке, хотя и восходил к XIV веку. Предок Годуновых – татарин Мурза-Чет приехал, как говорит предание, в XIV веке на службу к московскому князю. Как его потомки успели выдвинуться из массы подобной им второстепенной знати, неизвестно. Есть известие, что Борис и Ирина Годуновы в детстве уже были близки к царской семье. Пользуясь постоянным расположением грозного царя, Борис участвовал в его опричнине. Но и в Александровской слободе держал он себя с большим тактом, не участвовал в тех оргиях, которыми, между прочим, славна опричнина, и успел сохранить свое положение при дворе, не потакая дурным его страстям, как это делали другие любимцы. Народная память никогда не связывала имени Бориса с подвигами опричнины, по духу своему он не был опричником. Особенно близки стали Годуновы к царской семье с того времени, как сестра Годунова, Ирина, вышла замуж за царевича Феодора. Расположение Грозного к Годуновым все росло. В минуту смерти Ивана IV Борис был одним из ближайших к престолу и влиятельнейших бояр.
В первое время царствования Феодора большим значением пользовался Никита Романович Юрьев, а после его смерти влияние на дела всецело перешло к Борису. Он был не только фаворитом, но стал и формальным правителем государства. Это-то значение Годунова и обусловливало ненависть к нему бояр; несколько раз они пробовали с ним бороться, но были им побеждены. Влияния его поколебать было нельзя, и это было тем горше для боярства, что оно предугадывало события. Оно понимало, что бездетность Феодора может открыть путь к престолу тому из боярства, кто будет сильнее своим положением и влиянием. А сила Годунова стала беспримерна. Он располагал большим имуществом (Флетчер считает его ежегодный доход в сто тысяч рублей и говорит, что Борис мог со своих земель поставить в поле целую армию). Положение Бориса при дворе было так высоко, что иностранные посольства искали аудиенции у Бориса; слово Бориса было законом; Феодор царствовал, Борис управлял – это знали все и на Руси, и за границей. У этого-то неродовитого «татарина» и было более всех шансов по смерти Феодора занять престол, а он отказался и ушел за сестрою жить в монастырь.
Видя, что Ирина постриглась и царство принять не хочет, бояре задумали, как говорит предание, сделать Боярскую думу временным правительством и выслали дьяка Щелкалова к народу на площадь с предложением присягнуть боярам. Но народ отвечал, что он знает только царицу. На заявление об отказе и пострижении царицы из народа раздались голоса: «Да здравствует Борис Феодорович». Тогда патриарх с народом отправился в Новодевичий монастырь и предложил Борису Годунову престол. Борис наотрез отказался, говоря, что прежде надо успокоить душу Феодора. Тогда решили подождать выбора царя до тех пор, пока пройдет сорок дней со смерти Феодора и соберутся в Москву земские люди для царского избрания. По свидетельству Маржерета, Борис сам потребовал созвания по восьми или десяти человек выборных из каждого города, чтобы весь народ решил, кого надо избрать царем. Это показание Маржерета прекрасно объясняется известием из бумаг Татищева, что бояре хотели ограничить власть нового царя в свою пользу, а Борис, не желая этого, ждал Земского собора в надежде, что на Соборе «простой народ, выбрав его без договора бояр принудит». Если это известие верно, то можно сказать, что в этом деле умный Борис оказался дальновиднее боярства.
В феврале 1598 года съехались соборные люди и открылся Собор. Любопытен его состав. Лиц, участвовавших в этом Соборе, считают обыкновенно несколько более четырехсот пятидесяти, но вероятнее, что на Соборе присутствовало более пятисот человек. Из них духовных лиц было до ста человек, бояр до пятнадцати, придворных чинов до двухсот, горожан и московских дворян до ста пятидесяти человек и тяглых людей (но не крестьян) до пятидесяти человек. Соображая численное отношение разных московских групп на Соборе мы имеем возможность сделать следующие выводы: 1) Собор 1598 года состоял преимущественно из лиц служилых чинов, был Собором служилым; 2) в состав его входили преимущественно московские люди, а из других городов выборных, служилых и тяглых людей было не более пятидесяти человек.