Урожай 1604 года прекратил голод, но продолжалось другое зло. В голодные годы толпы народа для спасения себя от смерти составляли шайки и разбоем доставляли себе пропитание. Главную роль играли выгнанные своими господами во время голода холопы. Богатые люди этим путем избавлялись от лишних нахлебников, но не давали им отпускных грамот, чтобы при удобном случае иметь право вернуть своих холопов. Борис же приказывал таким холопам выдавать из Холопьего приказа отпускные, освобождавшие их от холопства, но и это не много помогало, потому что и в свободном состоянии они не могли нигде пристроиться. Число этих голодных и беглых холопов пополнялось свободными голодавшими людьми, которых бескормица заставляла примыкать к холопьим шайкам и разбойничать. Ни одна область Руси не была свободна от разбойников. Они бродили даже около Москвы, и против одной такой шайки Хлопка Борису пришлось выставить крупную военную силу, и то с трудом удалось одолеть эту толпу разбойников.
С 1601 года замутился и политический горизонт. Еще в 1600 или 1601 году, как сообщает Маржарет, явился слух, что царевич Димитрий жив. Все историки более или менее согласились в том, что в деле появления Самозванца активную роль сыграло московское боярство, враждебное Борису. На это есть намеки в наших сказаниях – в одном прямо говорится, что Борис «навел на себя негодование чиноначальников», что и «погубило доброцветущую царства его красоту». Буссов несколько раз повторяет, что Лжедимитрий был поставлен боярами и что об этом знал сам Годунов и прямо в лицо говорил это боярам. В соединении с этими известиями получает цену и указание летописцев на то, что Григорий Отрепьев бывал и жил во дворце у Романовых и Черкасских, а также и рассказ о том, что Василий Иванович Шуйский впоследствии прямо говорил, что признали Самозванца только для того, чтобы избавиться от Бориса. В том, что Самозванец был плодом русской интриги, убеждают нас и следующие обстоятельства: во-первых, по сказаниям очевидцев, названный Димитрий был великороссиянин и грамотей, бойко объяснявшийся по-русски, тогда как польская цивилизация ему давалась плохо; во-вторых, иезуиты, которые должны были стоять в центре интриги, если бы она была польской, за Лжедимитрия ухватились только тогда, когда он уже был готов, и, как видно из послания Папы Павла к Сендомирскому воеводе, даже в католичество обратили его не иезуиты, а францисканцы; и в-третьих, наконец, польское общество относилось с недоверием к царскому происхождению Самозванца, презрительно о нем отзывалось, а к делу его большинство относилось с сомнением.
На основании этих данных, возможно понимать дело так, что в лице Самозванца московское боярство еще раз попробовало напасть на Бориса. При Феодоре Ивановиче, нападая открыто, оно постоянно терпело поражение, и Борис все усиливался и возвышался. Боярство не могло помешать ему занять престол, потому что помимо популярности Бориса, права его на царство были серьезнее прав всякого другого в глазах народа по родству Бориса с угасшею династиею. С Борисом-царем нельзя было открыто бороться боярству, потому, что он был сильнее боярства... а сильнее и выше Бориса для народа была лишь династия Даниловичей (Ивана Даниловича Калиты). Свергнуть его можно было только во имя ее. С этой точки зрения вполне целесообразно было популяризировать слух об убийстве Димитрия, совершенном Борисом, и воскресить этого Димитрия. Перед этим боярство не остановилось.