О замысле бояр, должно быть, Борис узнал еще в 1600 году, и в связи с этим, вероятно, стоят опалы Бориса. Первая опала постигла Богдана Бельского. Он был сослан при Феодоре, но потом прощен, так что ему позволили было вернуться в Москву. Около 1600 года Борис отправил его в степь строить на реке Северском Донце городок Царев-Борисов. Бельский очень ласкал там рабочих людей, кормил их, искал их расположения и показался опасным Борису. О том, за что он именно пострадал, передают различно, но его внезапно постигла опала, мучения и ссылка. Вообще, это дело Бельского очень темно. Несколько больше мы знаем о деле Романовых. После Бельского пришел их черед. Романовых было пять братьев Никитичей: Феодор, Александр, Михаил, Иван и Василий. Из них особенной любовью и популярностью в Москве пользовался красивый и приветливый Феодор Никитич. Он был первым московским щеголем и удальцом. (Примеряя кому-либо платье, если хотели сказать комплимент платью и хозяину его, выражались, что оно сидит, «как на Феодоре Никитиче».) В 1601 году все эти Романовы были сосланы со своими семьями в разные места, и только двое из них (Феодор и Иван) пережили свою ссылку, остальные же умерли там, хотя и не по вине Бориса. Вместе с Романовыми были посланы и их родственники – князья Черкасские, Сицкие, Шестуновы, Репнины, Карповы. Летописец повествует, что Романовы пострадали от ложного доноса их человека – второго Бартенева. Бартенев по уговору с Семеном Годуновым, обвинил их в том, что у них было на Бориса «коренье». До нас дошло любопытное дело о ссылке Романовых; в нем имеются инструкции царя, чтобы со ссыльными боярами обращались мягко и не притесняли их. Этот документ отлично оправдывает Бориса от излишних обвинений в жестокости во время его царствования. Хотя необходимо сознаться, что при его опалах было много пыток, пострадало много людей и развелись доносы многочисленные, даже в сравнении с эпохою Грозного. В своих многочисленных опалах, следовавших за ссылкою Романовых, Борис почти не прибегал к казни, хотя для него дело стояло и очень серьезно, преследуя бояр, не пропуская никого за польскую границу, он, очевидно, с тревогой искал нитей того заговора, который мог его погубить призраком Димитрия, и не находил этих нитей. Они от него ускользают, а через несколько времени в Польше является человек, который выдает себя за спасенного царевича Димитрия.