Через два дня большевики устроили обыск в доме, где жила великая княгиня Мария Павловна со своими сыновьями Борисом и Андреем. Они изъяли всё оружие, найденное в доме, — сабли и кинжалы, а затем арестовали великого князя Бориса и адъютанта великого князя Андрея полковника фон Кубе. Андрея же командир приказал не забирать, потому что он, как пишет Кшесинская,
Великий князь Сергей Михайлович до марта 1918 года находился в Петрограде, и Кшесинская регулярно получала от него письма, из которых узнала, что в 20-х числа марта ему и другим великим князьям, жившим в Петрограде, было приказано покинуть столицу. В самом начале апреля 1918 года великий князь Сергей Михайлович, князья императорской крови Иоанн, Константин и Игорь Константиновичи и князь Владимир Павлович Палей были высланы из Петрограда в Вятку с правом свободного проживания.
Меньше чем через месяц пребывания в Вятке узников переселили в Екатеринбург и поместили в гостиницу. Известно, например, что 22 апреля (5 мая) 1918 года князь В.П. Палей (по его собственным словам в письме) отстоял Пасхальную заутреню в Екатерининском кафедральном соборе, хотя екатеринбургские газеты о его прибытии сообщили лишь 4 (17) мая. Те же газеты дали информацию о прибытии великого князя Сергея Михайловича и князей Константиновичей 26 апреля (9 мая). Сергей Михайлович поселился в квартире бывшего управляющего Верхне-Камским банком В.П. Аничкова (второй этаж дома на углу Успенской улицы и Главного проспекта), а Константиновичи — напротив, в номерах Атаманова (гостиница «Эльдорадо», впоследствии здание НКВД). Переписка Матильды и Сергея продолжалась.
1 (14) мая все находившиеся в Екатеринбурге принадлежавшие к августейшей фамилии получили предписание переселиться в заштатный город Алапаевск Верхотурского уезда Пермской губернии, куда и прибыли 7 (20) мая. Их поселили в Напольной школе, при которой имелась часовня. Заключение членов царской семьи разделяли управляющий делами великого князя Сергея Михайловича Ф.М. Ремез и его доктор Гельмерсен, лакей князя Палея Ц. Круковский и лакей князя Иоанна Константиновича Иван Калинин. Первое время режим был более свободным: разрешалось посещение церкви в сопровождении красноармейца. 8 (21) июня по указанию из Екатеринбурга был введён тюремный режим. Врач и оба лакея были удалены.
5 июля 1918 года алапаевских узников вывезли из города и в 18 километрах от Алапаевска убили, бросив в одну из заброшенных шахт железного рудника Нижняя Селимская.