Важную часть купальского празднества составляли обряды с водой. Один из них был связан с изготовлением чучела в виде женщины или мужчины, которое в некоторых местах называли Купалой, а в некоторых — Марой. Под исполнение купальских песен, под пляски чучело на высоком шесте несли к реке и там сбрасывали в воду и топили. Этот обряд, соотносимый с ритуальными проводами-похоронами, включающими растерзание или сжигание чучела из растительного материала, имел целью обеспечить плодородие.
Обязательным элементом купальской обрядности было омовение водой, которое представляло собой массовые купания людей в водных источниках, умывание или обмывание водой или росой, мытье в банях, обливание водой или грязью. Эти обряды могли совершаться ночью, на рассвете, в перерыве между церковными службами — утреней и обедней. В купании принимали участие все жители селения. Человека, который отказывался купаться, подозревали в колдовстве. В некоторых местах купание после ночных гуляний устраивали только девушки: они полностью снимали с себя одежду и окунались в реку или озеро. Повсеместно считали, что купальское омовение приносит здоровье. В Калужской губернии крестьяне говорили, что в день Ивана Купалы необходимо хотя бы раз окунуться в воду, чтобы в течение лета чувствовать себя в ней безопасно.
Широко было распространено также ритуальное омовение росой. На рассвете девушки, а иногда и женщины, собирали росу, водя по мокрой траве скатертью, и затем отжимали ее в какой-нибудь сосуд. Купальской росой умывали лицо и руки, что, по поверьям, прогоняло болезни и сохраняло кожу чистой. В Сибири «иванову» росу использовали в случае заболевания глаз.
Купальскую воду и росу использовали и для мытья хозяйственной утвари. При этом им обеим приписывали очистительные и продуцирующие свойства. Так, в Вологодской губернии один раз в год, а именно в день Ивана Купалы или в его канун, хозяйки мыли свои «квашонки» — сосуды для замешивания теста, для чего их несли на реку или к колодцу. В Сибири же под «иванову» росу выставляли пустые крынки, полагая, что от этого «снимок» с молока (сметана) будет толще.
С водой было связано одно из купальских молодежных развлечений — обычай обливать ею в купальскую ночь или в Иванов день встречных. В Полесье обливание парней и девушек между собой называлось «играть в воду». У русских парни заранее запасались водой, которую зачастую набирали вместе с грязью, и обливали девушек, одетых в нарядные праздничные костюмы. Тех, кто прятался, насильно вытаскивали из домов. Девушки, как правило, отвечали парням тем же. Вдоволь побегав друг за другом, парни и девушки объединялись и начинали вместе обливать водой всех встречных жителей, кроме лишь маленьких детей и самых ветхих стариков. В Орловской губернии смысл обливания заключался в обеспечении дождя. После веселого развлечения молодежь отправлялась на реку, где девушки и парни устраивали совместные купания. Особенностью таких купаний в конце XIX — начале XX веков было то, что его участники, не раздеваясь, входили в воду прямо в одежде.
Особой стороной купальской обрядности являлись охранительные ритуальные действия против нечистой силы. Купальская ночь — самая короткая ночь в году и, по народным поверьям, одна из самых страшных: она относилась к тем временным периодам и в рамках суток, и в рамках календарного года, когда, согласно мифологическим представлениям, границы между человеческим и потусторонним мирами стирались и были проницаемы. Поэтому в эту ночь активизировались вредоносные действия демонологических существ, колдунов, ведьм. Деятельность нечистой силы и колдунов была направлена в основном во вред людям, животным и хозяйству в целом.