Поэтому отъем «ЮКОСа» был поэтапным и постепенным. Новый предправления «ЮКОСа» Семен Кукес первоначально отказался от электроэнергетических активов «ЮКОСа», хотя их приобретение было одним из наиболее перспективных направлений развития концерна в ведении Михаила Ходорковского. Летом Кукес предложил план примирения акционеров «ЮКОСа» и государства, который не нашел понимания ни у собственников «ЮКОСа», ни у «силовиков». 24 июня на годовом собрании акционеров концерна председателем правления компании вместо Семена Кукеса стал американец Стивен Тиди. Но кадровые перестановки не могли помочь компании. Уже через неделею Арбитражный суд отклонил жалобу компаний «ЮКОС» и «ЮКОС-Москва» на решение о взыскании с концерна 99,4 млрд. рублей в счет погашения задолженности перед МНС РФ за 2000 год. Тут же налоговики заявили о завершении проверки налоговой политики компании за 2001 год, по результатам которой в суд был направлен еще один иск — на сумму свыше 98 млрд. рублей. Суммарный объем долгов перед государством со стороны «ЮКОСа» составил почти 200 млрд. рублей.
«ЮКОС» пытался заплатить свои долги — но для «силовиков» было важно не столько получить деньги в бюджет, сколько заставить акционеров «ЮКОСа» платить по счетам своей собственностью. В результате ситуация стала напоминать игру в пинг-понг: «ЮКОС» платил часть долга, но ему тут же выдвигали новые претензии. Так, «ЮКОС» в конце лета в сжатые сроки сумел погасить львиную долю задолженности за 2000 год перед налоговыми органами и рассчитывал до конца сентября полностью закрыть этот «счет». Но тут же Басманный суд столицы вынес постановление о наложении накопительного ареста на счета дочерних структур «ЮКОСа» в размере 76 млрд. рублей. 3 сентября нефтяной компании было добавлено финансовых претензий еще на сумму в 20 млрд. рублей — по итогам проверки налоговой деятельности за 2001 год.
К середине ноября «ЮКОС» выплатил порядка 3,9 млрд. долларов по налоговым долгам. Председатель совета директоров «ЮКОСа» Виктор Геращенко заявил, что компания в состоянии заплатить в общей сложности порядка 8 млрд. долларов с июля 2004 г. по июль 2006 г. Даже если такие планы и были бы реализованы, этого все равно не хватило бы для расплаты с налоговиками. Ведь сумма непогашенных налоговых претензий к компании и ее «дочкам» достигла к концу ноября 2004 года 20,6 млрд. долларов.
У «ЮКОСа» была еще одна возможность найти средства для погашения предъявленных исков. Дело в том, что «дело «ЮКОСа» было начато после запуска слияния компании с «Сибнефтью», в результате чего «ЮКОС» получил 34,5 % акций «Сибнефти» за 3 млрд. долларов. «ЮКОС» намеревался провести «зеркальную сделку»: по сути, речь шла о «разводе» «ЮКОСа» и «Сибнефти», в результате чего «Сибнефть» вернула бы свои акции, а «ЮКОС» получил бы уплаченные за них 3 млрд. долларов.
В качестве «превентивной меры» в ноябре 2004 года Генпрокуратура по решению суда арестовала 34,5 % акций «Сибнефти», принадлежащих «ЮКОСу». «Сибнефть» получала возможность отказаться от финансовых выплат. Так что на эти 3 млрд. «ЮКОС» также не может рассчитывать.
Для того чтобы акционеры и менеджеры «ЮКОСа» были более сговорчивыми и не упрямствовали в борьбе за спасение корпорации, вдобавок к налоговым претензиям «силовики» применили весьма действенную тактику уголовного преследования ключевых фигур в «ЮКОСе». Арестом Ходорковского все не ограничилось. Наоборот, по мере приближения финала «дела «ЮКОСа» давление на акционеров и менеджмент компании только росло.
Крупнейшие акционеры «ЮКОСа» стали спешно покидать Россию еще в конце 2003-го — начале 2004 года. К февралю в совете директоров НК «ЮКОС» не осталось ни одного крупного акционера компании. Михаил Ходорковский и Платон Лебедев к этому времени уже находились в СИЗО, а Леонид Невзлин, Владимир Дубов и Михаил Брудно к моменту предъявления им обвинений в январе 2004 года — за границей. После этого следствие объявило их в международный розыск. Еще один из совладельцев компании — Андрей Голубович — до осени 2004 года официально не был объявлен в розыск, но следственный комитет при МВД России в июне заявлял, что подготовил материалы для предъявления ему обвинения. Голубович «на всякий случай» также покинул страну.