Столь болезненно-ревностное отношение епископа к губернатору (тем более любящему дисциплину и порядок) понятно, так что не следует воспринимать свидетельства Евлогия (Георгиевского) буквально. О причинах серьезного конфликта А. Н. Волжина с отдельными представителями Русской церкви мы еще расскажем ниже, а пока же отметим, что человек, за которого Евлогию было «перед народом стыдно», с мая 1914 года стал гофмейстером, с июля 1914 года — директором Департамента общих дел МВД и членом Государственного совета.
С сентября 1915 года по апрель 1916 года А. Н. Волжин был обер-прокурором Священного Синода, то есть «высшего органа управления Русской православной церкви в период между Архиерейскими Соборами». Должность эта при Синоде была учреждена в 1722 году для того, чтобы, по выражению Петра I, там имелось «око царево и стряпчий о делах государственных». С этой целью обер-прокурор имел свою канцелярию и обязан был находиться на заседаниях Синода. Постепенно роль обер-прокурора все более и более усиливались, ибо он имел право непосредственного доклада о делах Синода верховной власти, то есть императору.
Надо сказать, что А. Н. Волжин вступил в эту должность в непростое время. Дело в том, что в 1912 году политическая ситуация вокруг Синода значительно обострилась, что было связано с вторжением фаворита императора Г. Е. Распутина в дела церковного управления. Благодаря ему в 1914 году митрополит Владимир был переведен в Киев, а назначенный вместо него митрополит Питирим (в миру — Павел Васильевич Окнов) был болезненно воспринят в церковной иерархии и в обществе, которое объявило его «распутинцем».
Приход А. Н. Волжина на эту должность был воспринят неоднозначно. По этому поводу заместитель обер-прокурора Священного Синода князь Н. Д. Жевахов в своих «Воспоминаниях» пишет:
«Я мало знал А. Н. Волжина… Мнения о нем были различны, и я не прислушивался к ним. Однако мои друзья предостерегали меня от излишней доверчивости к нему и называли его неискренним. Этого рода предостережения были обычными, и я настолько уже привык к ним, что не придавал им значения, а после своего свидания с новым обер-прокурором находил их даже неосновательными. А. Н. Волжин очаровал меня своею любезностью и именно теми качествами, какие за ним отрицались… Он проявил в отношении меня, с которым был очень мало знаком, столько доверия и искренности, что заподозрить его в лицемерии я никак не мог».
Будучи человеком очень честным, А. Н. Волжин тут же вступил в конфликт с митрополитом Питиримом. Г. И. Шавельский в своих «Воспоминаниях последнего протопресвитера Русской армии и флота» рассказывает об этом следующее: