Еще при Павле I произошло обособление полкового духовенства от епархиального. Все священники армии были подчинены Полевому обер-священнику, присутствующему в Святейшем Синоде. Основной его функцией стало назначение в полки «достойных иеромонахов и священников». Также обер-священник ведал вопросами назначения пенсий и наград военному духовенству. По «Учреждению для управления Большой Действующей Армии» высшая духовная власть в войсках перешла к обер-священнику армии и флотов, в подчинении которого состояли Полевые обер-священники армий и корпусов, в свою очередь осуществлявшие надзор за полковыми священниками. В 1812 г. обер-священником армии и флотов был протоиерей Иоанн Семенович Державин.
Отдельная глава Устава 1797 г. была посвящена «службе Божьей»:
«1. Каждое Воскресение и праздник, а в Великий пост по тем дням, когда обедня живет, бить на молитву, что делать барабанщикам всех караулов, как скоро благовестить начнут. Если у гарнизона своя церковь, то ж чинить в обыкновенный час.
2. Когда перестанут бить на молитву, ротам собираться перед Капитанскою квартирою. Сделать перекличку, чтобы все унтер-офицеры, барабанщики и рядовые были, исключая тех, которые в караулах или командировках. По перекличке и расчету Капитан ведет свою роту в церковь.
Примечание. Как бы слаба рота ни была, как Капитану так и всем Офицерам быть при ней.
3. Всем Офицерам входить в церковь вместе с людьми, и не прежде из оной выходить, как по совершенном окончании службы; и дабы унтер-офицеры и рядовые прежде времени из оной не выходили, ставить к дверям церкви по унтер-офицеру с алебардами.
Примечание. Если солдаты случатся другого закона, то посылать оных на молитву оного, с унтер-офицером того закона, если случится.
4. Посылать под караул и наказывать тех солдат, которые в церкви шумели, или шутили, или соблазн подавали; стоять же смирно и слушать со вниманием.
Примечание. Если для гарнизона в городе особой церкви не будет; то командующему приказать отводить особое место, дабы все люди вместе стояли и за ними смотреть можно было.
5. Наблюдать, чтобы в течение года все люди на исповеди побывали и причащались» [75, стр. 107–109].
15 июля 1812 г. Святейший правительствующий Всероссийский Синод обнародовал воззвание, в котором, в частности, говорилось: «…Взываем к вам, чада церкви и отечества! Примите оружие и щит, да сохраните верность и охраните веру отцов наших!» [72, стр. 52]. Первый победный молебен с пушечной пальбой был проведен в 1-й армии в полдень 22 июля в честь победы при городе Кобрине [44, стр. 442].
В штатах полка числились священник и 2 церковника, а в обозе – фура с имуществом походной церкви. Еще до начала боевых действий в дивизиях оставили только по одной походной церкви, но при этом все священники продолжали службу при полках. Во время войны 1812 г. многие из них проявили подлинное мужество, поддерживая и воодушевляя свою паству под огнем неприятеля. Под Витебском священник 34-го егерского полка отец Фире Никифоровский «во время напутствия раненых» был взят в плен, но бежал и в Смоленске присоединился к своему полку; в Бородинской битве он «вел себя неустрашимо, причем лошадь под ним была убита, сам он ранен в левую ногу» [147, стр. 114]. В сражении при Бородино 26 августа протоиерей Московского гренадерского полка отец Мирон Орлеанский был контужен в бедро левой ноги. К награде за это же сражение был представлен полковой священник Псковского пехотного полка Волошинский, который «благоразумными и свойственными сану его наставлениями вдыхал в солдат пред сражением храбрость и мужество и сим поощрял их к сильному поражению неприятеля и, находясь как во время сражения, так и после оного при всех тяжело раненых и трудно больных, исполнял долг свой со всем усердием и человеколюбием» [39, стр. 262].
Наиболее известным стал подвиг священника 19-го егерского полка Василия Васильковского. В том же сражении при Витебске он осенял строй Святым крестом, исповедовал и причащал умирающих солдат. Получив ранение, священник оставался на поле боя до тех пор, пока одна из пуль не попала в крест у него в руке, а вторая нанесла контузию в грудь. Оправившись от ран, он вновь пошел впереди строя полка в сражении при Малоярославце, где и был ранен в голову. Подвиг священника был вознагражден вручением ему ордена Святого Георгия 4-й степени.