В 1900 году минский пропагандист арестован и доставлен в Москву, но отпущен на свободу под честное слово Зубатовым. За порядочность жандарма Гершуни отплатит тем, что встанет во главе Боевой организации эсеров. В 1903 году он снова арестован, его приговаривают к казни, замененной вечной каторгой. Из Сибири Гершуни бежит через Дальний Восток в 1907 году, «пролетев, – по выражению Чернова, – метеором по Америке и собрав мимоходом для партии значительную сумму денег». Созданную им организацию Гершуни застает в кризисе: разбирается дело Азефа, на которого пало обвинение в предательстве. Чернов: «Гершуни не ждал проку ни от каких разбирательств: ничего, кроме разглашения партийных секретов, они не дадут. Есть только одно простое, честное и радикальное средство. Он, Гершуни, вместе с Азефом, доверие к которому у него было безгранично, возьмет на себя большое дело. Или оно им удастся – и тогда все слухи сами собой умрут, или оба на этом деле погибнут – и тогда, каким бы уроном ни была эта двойная гибель для партии, всё же имя ее будет очищено от кошмарного навета…» Другой известный деятель партии социалистов-революционеров, Владимир Зензинов, в своих мемуарах «Пережитое» так передает слова заболевшего на каторге Гершуни: «Единственный способ, – говорил он, – покончить с этими слухами, это после моего выздоровления организовать центральное дело (против царя). Оно всё равно уже поставлено на очередь. В нем должны принять участие я и Иван. И когда мы оба погибнем, честь Ивана в партии будет восстановлена».
Ни организовать «центральное дело», ни восстановить честь агента охранки Гершуни уже не удастся. О его конце Чернов пишет: «Гершуни жил, сговаривался с Азефом, готовился работать вместе с ним. Но смерть уже стерегла его. Он явно таял: упадок сил, высокое давление крови, сердцебиение, высокая температура и т. п. Финляндские врачи теряли голову: симптомы неведомой болезни становились всё тревожнее. Были приняты экстренные меры: его отправили за границу, в славившуюся своими медицинскими знаменитостями Швейцарию. Гершуни едва согласился на это, и то лишь под условием, что уезжает на самое короткое время – набраться сил и спешно вернуться на арену ожидающей его настоящей борьбы. А оттуда нас как громом поразила страшная весть: Гершуни в госпитале! У Гершуни несомненная, со страшной быстротой прогрессирующая саркома легких!» Гершуни умирает в цюрихском госпитале после тяжелой агонии в ночь с 16 на 17 марта 1908 года. Тело его перевозят для захоронения в Париж, на кладбище Монпарнас.
Молодежь, стоящая вне политики, представляет в эти годы скорее исключение. Молодые люди, не читающие социал-демократические или народнические издания, вызывают тревогу даже у родных. «В Цюрихе мы много занимались Рихардом Вагнером. В аудиториях Высшего технического училища я слушала лекции профессора Зайчика о “Кольце Нибелунгов”», – вспоминает художница Маргарита Сабашникова-Волошина в книге мемуаров «Зеленая змея» и пишет дальше о своем брате Алексее, студенте политехникума: «Как и многие молодые люди тех лет, он одно время увлекался Оскаром Уайльдом. Прочитав “De Profundis”, написанную в тюрьме, он повторил путь поэта – начал читать Евангелие. Очень характерно для той эпохи то, что моя мать всё это считала ненормальным. Она требовала, чтобы он обратился к психиатру Монакову, который в то время жил в Цюрихе. Психиатр предостерег его от Евангелия как от “нездорового чтения”. Очень типично для русских, что тот же самый доктор Монаков, тогда выступавший столь рьяным последователем атеизма, позднее написал книгу, содержащую чудесные мысли о существе Христа».
За спасение брата любимой берется поэт Максимилиан Волошин. Молодые люди решают, что надо «выйти из себя», чтобы ощутить «духовность мира», и отправляются пешком из Цюриха на Сен-Готард. «Вернулись они в жалком виде – усталые и оборванные, – пишет Маргарита Сабашникова. – Удалось ли им “выйти из себя” – не знаю; но духовность мира они, во всяком случае, не нашли».