В ночь с 20 на 21 сентября польские войска тихо вошли в Москву. Часть поляков, вместе с Жолкевским, разместилась в Кремле, остальные заняли Китай-город, Белый город и Новодевичий монастырь. Чтобы обеспечить коммуникации с Польшей по приказу гетмана полки заняли города Можайск, Борисов и Верею.
Военный аспект оккупации разрешился довольно легко. Зато возникла проблема верховной власти. Формально считалось, что Владислав уже царствует. В церквях попы возносили молитвы за его здравие. От его имени вершили суд. В Москве чеканили монеты и медали с его именем и профилем. К Владиславу под Смоленск отправлялись запросы по политическим и хозяйственным делам, жалобы, челобитные с просьбами о предоставлении поместий и т.п. Ответы приходили довольно быстро, щедро раздавались чины и поместья. Однако подписаны они были не Владиславом, а Сигизмундом. Чтобы не смущать население, бояре обратились к королю с просьбой, чтобы под грамотами стояла подпись Владислава. И действительно, с начала 1611 г. в грамотах появляется «Царь и великий князь Владислав», но его подпись стояла после подписи короля Сигизмунда. Таким образом, Сигизмунд стал не только фактическим, но и почти официальным правителем Руси.
Первым из поляков, понявшим, что русский народ никогда не примет Сигизмунда, стал Жолкевский. Он шёл в Москву, чтобы сделать русским царём Владислава. Если бы Владислав принял православие, женился на русской боярышне, то его сын вырос бы русским человеком, и вполне вероятно, что шведская династия на сотни лет прижилась бы на Руси (Сигизмунд был этническим шведом, а не поляком). Но претензии Сигизмунда на московский трон заведомо обрекали семитысячный отряд поляков на гибель. Во всём польском войске это понимал лишь Жолкевский. Как мы уже знаем, буйные паны влезли в Москву вопреки воле гетмана. Теперь ему ничего не оставалось, как уехать.
В начале октября 1610 г. Жолкевский покинул Москву. Прощаясь с войском, он сказал: «Король не отпустит Владислава в Москву, если я немедленно не вернусь под Смоленск». По приказу короля Жолкевский взял с собой бывшего царя Василия и его братьев Дмитрия и Ивана Шуйских. Вместо себя Жолкевский оставил Александра Гонсевского, который незадолго до этого сам себя произвёл в русские бояре.
11 декабря 1610 г. Тушинский вор отправился на охоту на зайцев. Его сопровождал шут Кошелев и татарская (касимовская) стража. Внезапно Пётр Урусов ударил «царя» саблей и рассёк ему лицо. Другой татарин отрубил «царю» голову. Шута татары пощадили, а сами отправились в степь в направлении Крыма, грабя всё по дороге.
Кошелев прискакал в Калугу к «царице». Марина находилась на последних днях беременности. Тем не менее, она бегала по улицам и кричала о мщении. Но мстить было некому, убийцы были уже слишком далеко, зато казаки перебили две сотни касимовских татар, служивших самозванцу.
Вечером 11 декабря в Калугу привезли обезглавленное тело самозванца. Труп пролежал в холодной церкви более месяца, и народ ходил смотреть на него и на голову, лежащую рядом. Затем тело похоронили в Троицком соборе. В вещах Лжедмитрия II нашли талмуд, письма и различные бумаги, написанные на еврейском языке. Это подтвердило давние толки о его происхождении.
Теперь воровское войско лишилось знамени. Тушинские бояре князь Григорий Шаховской и атаман Иван Заруцкий решили бежать из Калуги, но казаки удержали их силой. Через несколько дней Марина родила сына. По «деду» его назвали Иваном. Казаки немедленно провозгласили его царём. Пётр Сапега предложил Марине с ребёнком перейти под его покровительство, но она высокомерно отказалась. Марина хотела быть только московской царицей, или никем. За неимением нового «Димитрия» Марина затащила к себе в постель казака Заруцкого, который таким образом из пленника превратился в вождя тушинцев.
Смерть столь ничтожной личности, как Тушинский вор, имела огромное политическое значение. Теперь единственным реальным претендентом на московский престол был королевич Владислав. Однако его ещё никто из русских в глаза не видел. Все грамоты от его имени писал отец. Король Сигизмунд не позволял Владиславу принять православие. Переговоры под Смоленском зашли в тупик. С гибелью Лжедмитрия II теряло всякий смысл пребывание королевских войск в России. Ведь король-то пришёл, якобы, наводить порядок, и Жолкевского бояре зазвали в Москву, чтобы тот спас их от Тушинского вора. Теперь «вор» мёртв, большая часть его воинства разбежалась. «Ворёнка» Ивана, лежащего в пеленках, никто всерьёз не принимал.
С момента гибели «вора» изменился характер войны в России. До этого шла гражданская война, в которую на первом этапе вмешались польские паны, а на втором — польский и шведский короли. На третьем же этапе война становится национально-освободительной, одной из важнейших составляющих которой была борьба православия против католицизма.