Чтобы взять такие твердыни, как Кострома и Ипатьевский монастырь, нужен был достаточно большой отряд осаждающих (не менее трёх тысяч человек) с осадной артиллерией и как минимум несколько недель осады. Мне могут возразить и привести примеры, когда мощные крепости в 1605–1611 гг. сдавались небольшим конным отрядам. Да, действительно, такие случаи имели место, но только когда гарнизон или горожане решали поменять царя, например, Шуйского на Димитрия или наоборот.
Ещё до начала Смуты Шестовы и Романовы имели в Костромской крепости «осадные дома», то есть собственные дома, где можно было отсидеться в случае нападения противника. Так что жить или защищаться в Домнине или в ином месте в своих вотчинах оба семейства не собирались ещё до Смуты. Марфа с сыном могла проинспектировать свои вотчины, но жить там было опасно. Ряд историков считают, что Михаил и Марфа жили в Костромской крепости на своём осадном дворе и прибыли в Ипатьевский монастырь лишь для встречи «великого посольства» из Москвы. Другие утверждают, что жить в монастырь Романовы переехали лишь с началом Великого поста (февраль — начало марта 1613 г.), «дабы провести эти дни в уединении и молитве», тем более что сама Марфа была монахиней. Наконец, третья группа историков считает, что Романовы жили только в монастыре, а в Костроме если и бывали, то наездами. При этом документальных свидетельств о местопребывании Марфы и Михаила нет ни у кого.
Лично я присоединяюсь к третьей точке зрения. Дело в том, что жители Костромы вдоволь натерпелись лиха от тушинцев и люто их ненавидели. Соответственно, приезд в город жены и сына тушинского патриарха мог вызвать эксцессы. И наоборот, игумен и монахи Ипатьевского монастыря были верными тушинцами.
Любопытно, что на сторону Тушинского вора архимандрит Феодосий с братией перешли не по идеологическим причинам, а из-за «бабок». Царю Василию требовались деньги для войны с Болотниковым и Тушинским вором, и он имел неосторожность попросить их у Ипатьевского монастыря. Результат не заставил себя ждать, и в конце октября 1608 г. архимандрит Ипатьевского монастыря Феодосий и игумен соседнего костромского Богоявленского монастыря Арсений отправились в Тушино, где и принесли присягу Лжедмитрию II.
Понятно, что теперь монастырь оказался в полном подчинении у Тушинского патриарха. Следует заметить, что Филарет и Феодосий отлично ладили, и монастырь стал надёжным оплотом тушинцев в Костромском крае.
Кострома поначалу была захвачена отрядом Лжедмитрия II. Но в начале декабря 1608 г. горожане подняли восстание. Местные тушинцы были перебиты, а их воеводу Дмитрия Мосальского-Городетского долго пытали, а затем, отрубив руки и ноги, утопили в Волге. (Марфе эта история была хорошо известна).
Тушинский царь отправил в Кострому карателей во главе с Эразмом Стравинским и Александром Лисовским. Поляки предали Кострому огню и мечу. Видимо, какая-то часть костромичей пыталась укрыться за стенами Богоявленского монастыря и там оказать сопротивление тушинцам. 30 декабря 1608 г. Богоявленский монастырь был захвачен и разорён отрядом Лисовского. При штурме погибли три иеромонаха, один иеродиакон и семь монахов. В это же время был разорён и разграблен Крестовоздвиженский монастырь в костромском кремле, при этом погибли его архимандрит Геннадий и десять человек братии.
В конце февраля 1609 г. костромичи вновь восстали, однако на сей раз тушинскому воеводе Никите Вельяминову удалось унести ноги в Ипатьевский монастырь. Но не менее двухсот тушинцев костромичи «посадили в воду», то есть попросту утопили в Волге.
В начале марта 1609 г. Никита Вельяминов написал в Тушино пану Сапеге следующее письмо о помощи: