В конце апреля 1609 г. к монастырю подошло войско Василия Шуйского во главе с воеводой Давыдом Жеребцовым и приступило к осадным работам. В начале мая 1609 г. Вельяминов писал Сапеге, что к монастырю подошли на судах
Битва закончилась ночью. Несмотря на упорное сопротивление, ратникам Жеребцова удалось закрепиться на правом берегу реки Костромы и начать осаду монастыря.
После сражения царские войска выкопали вокруг осаждённого монастыря ров, поставили острог и укрылись за ним. Ров окружал монастырские стены «от реки от Костромы да до реки Костромы же». Всё это время тушинцы предпринимали попытки вырваться из окружения.
Лжедмитрий II придавал важное значение Ипатьевскому монастырю. В мае 1609 г. он послал войско под командованием Александра Лисовского для деблокирования обители. Но Лисовскому не было суждено дойти до Ипатьевского монастыря из-за сопротивления местных жителей и отсутствия лодок для переправы через Волгу.
В августе, а по другим источникам, в сентябре 1609 г. монастырь сдался и был занят людьми Жеребцова.
Как тут не поразиться избирательности московских дьяков и летописцев! Осада Троице-Сергиевой лавры тушинцами в сентябре 1608 г. — январе 1610 г. известна чуть ли не по дням. А вот осада Ипатьевского монастыря, где монахи защищали «воров и литовских людей» практически неизвестна.
Зададим себе риторический вопрос: мог ли тушинский патриарх игнорировать осаду Ипатьевского монастыря, не посылать туда грамот с призывами к сопротивлению и т.д.? Явно, нет. Так куда же их подевали жульё — московские дьяки?
Но вернёмся к бедной инокине Марфе. От дважды восставших против тушинцев костромичей ничего хорошего ждать не приходилось, зато в Ипатьевском монастыре среди братии, насмерть стоявшей за «царя Димитрия» и патриарха Филарета, опасаться было нечего.
Возможно, не стоило уделять столько внимания местопребыванию Марфы и Михаила в ноябре 1612 г. — начале 1613 г., если бы не возникновение в начале XIX века целой мифологии о подвиги крестьянина Ивана Сусанина.
О событиях Смутного времени к началу XIX века накрепко забыли. Вспомнить о них царя Александра I заставило поражение под Аустерлицем в декабре 1805 г. Павел, а затем и его сын легкомысленно ввязались в войну против революционной Франции.
Под Аустерлицем царь был лично оскорблён, поскольку он трусливо бежал с поля боя в самом начале сражения, а главное, он осознал, что из себя представляет Наполеон и его армия. Срочно потребовался созыв всенародного ополчения и т.д. В качестве хорошего примера подходил созыв ополчения Минина и Пожарского. В войне 1812 года мифы Смутного времени стали хорошим идеологическим оружием царизма.
Инокиня Марфа (Ксения Ивановна Шестова — мать Михаила Романова).
Тут следует отметить, что и либерально настроенные дворяне пытались использовать события Смуты для обоснования своих идей. Речь шла об участии простых людей в решении судеб государства, например, того же «гражданина Минина».
Кстати оказался и «крестьянин» Иван Сусанин, который де спас царя весной 1613 г. Дело началось с оды «Иван Сусанин», написанной декабристом Кондратием Рылеевым.