А.С. Ментиков выступил с войсками навстречу, оставив Севастополь на моряков. Следовало принять меры к обороне своими силами главной базы флота. В предписании В.А. Корнилова М.Н. Станюковичу от 7 сентября 1854 года на случай тревоги В.И. Истомин был назначен командовать войсками на Северной, а А.И. Панфилов — на Южной стороне1548
.9 сентября Корнилов отдал приказ о затоплении кораблей на входе в Севастопольскую бухту и подготовке к возможному вторжению союзников на Северную сторону. Истомину следовало с рабочими, которые приводили в оборонительное состояние северное укрепление, в случае появления неприятеля на высотах Бельбека уничтожить батареи Парижскую и Двенадцатиапостольскую, вывезти всех людей и суда, кроме оставляемых для флотских перевозок1
. 11 сентября в приказе о посылке морских батальонов для обороны Северной стороны В.А. Корнилов назначил командиров всех пяти батальонов, собираемых из команд кораблей, и подчинил их Истомину1549 1550. Под наблюдением Истомина проходила постройка третьей (после Волоховой и Малаховой) оборонительной башни на высоте около Голландии; работа кипела, когда союзники высадились1551.В.А. Корнилов сосредоточивал войска для обороны Северного укрепления; Истомин был его помощником. Когда же стало ясно, что союзники переходят на Южную сторону, через бухту переехал и Корнилов с основной частью войск1552
. Он решительно взялся за организацию сухопутной обороны. Первоначально она была разбита на три дистанции; командование третьей дистанцией (левым флангом обороны, от 3-го бастиона до Большой бухты) принял контр-адмирал Истомин1553. 18 сентября в письме Корнилов писал, что Истомин командует на Малахо-вом кургане1554. Контр-адмирал вместе с Нахимовым и другими близкими людьми собирались вечерами у Корнилова1555.Так как со временем стало ясно, что нагрузка на командование слишком велика, Корнилов разбил третью дистанцию на две и оставил Истомина руководить четвертой дистанцией от бухты до Малахова кургана включительно1556
. Работа кипела по всей линии укреплений, которые росли неожиданно быстро для союзников, ожидавших встретить беззащитный город. Потому союзное командование отложило штурм и приступило к осаде.Наследство Истомину досталось небогатое. В частности, на Малахо-вом кургане стояли всего несколько орудий, а оборонительная стенка была столь плохо построена, что ее разрушал рогами козел1557
. До начала обороны, кроме этих стенок, на собранные местным купечеством средства построили лишь оборонительную башню с двумя ярусами для ружейной стрельбы и открытой батареей на пять пушек1558.Истомин, отказавшись от услуг Э.И. Тотлебена, избрал себе в помощь по инженерной части подполковника Ползикова. Сохранившаяся в архиве записка сообщала: «Командовавший на кургане контр-адмирал Истомин, доверясь командиру 6-го саперного батальона подполковнику Ползикову, не хотел подчиниться правилам инженерного искусства и настаивал, чтобы фас перед башней был закруглен, будто бы для лучшего обстреливания впереди лежащей местности, а также и прочие прилежащие верки расположил по своей фантазии. Адмирал Корнилов, уважавший Истомина, упросил Тотлебена не вмешиваться в эти работы, и таким образом влияние Тотлебена на Корабельную сторону на долгое время вовсе было отклонено». Тот факт, что четвертая дистанция успешно выдерживала неприятельские атаки, свидетельствует о полезности нововведений, игнорировавших устаревшие каноны военноинженерного искусства1
.Корнилов, Нахимов и Истомин руководили сооружением укреплений со стороны суши, которых фактически не существовало. Недоставало инструмента, простейших лопат и кирок, и каменистую землю копали деревянными лопатами. Тем не менее, когда стало ясно, что союзники не решились атаковать Северную сторону, а двинулись к Южной, они вместо беззащитного города встретили спешно созданные укрепления. Так как армия ушла из города, основной силой его обороны стали моряки, которые строили укрепления, ранее бывшие лишь на схемах, устанавливали на них корабельные орудия, оборудовали пороховые погреба из цистерн для воды и сами же оставались защищать построенные ими батареи и редуты. На бастионах вскоре была налажена та же слркба, как и на кораблях, с вахтами и склянками1559
1560.Из рапорта П.С. Нахимова Корнилову от 21 сентября ясно, что Истомин к этому моменту командовал обороной Малахова кургана1561
. 23 сентября контр-адмирал провел «примерное отбитие штурма» на Малахов курган, которое показало необходимость усиления войск четвертой дистанции; в итоге Бутырский полк прибыл в Севастополь1562.Оборона Севастополя прошла проверку 5 октября, когда союзники предприняли обстрел с моря и с суши, выпустив огромное количество снарядов. На четвертой дистанции пострадали укрепления 4-го бастиона и Малахова кургана. Башня была вынуждена прекратить огонь, ибо все орудия были подбиты, а осколки камней поражали людей, которых пришлось вывести. Однако другие батареи продолжали ответный огонь1563
.