В передней части бронетранспортера установлена лебедка с отбором мощности от коробки передач. Сила тяги лебедки 4500 кгс, длина троса 75 м.
Практически одновременно с БТР-40 шла разработка его модификации, получившей обозначение БТР-40А. По сути, она представляла собой зенитную самоходную установку.
Зенитная установка ЗТПУ-2 была смонтирована на постаменте в десантном отделении и состоит из двух пулеметов КП В калибра 14,5 мм. Максимальный угол возвышения пулеметов +90°, склонения -5°. Для стрельбы по наземным целям имелись телескопический прицел ОП-1-14, по воздушным — коллиматорный прицел ВК-4. Боекомплект — 1200 патронов. Установка управлялась одним наводчиком с помощью механического ручного привода. В состав расчета входили два заряжающих (по одному на пулемет). Эффективный огонь обеспечивался по воздушным целям, летящим со скоростью до 600 км/ч на высоте 500-1000 м. Горизонтальная дальность эффективного огня составляла 2000 м.
БТР-40А был принят на вооружение в 1951 году, а годом позже запущен в серийное производство.
На базе БТР-40 выпускалась машина химической разведки БТР-40РХ. Она отличалась от базовой машины установкой дополнительного оборудования для проведения радиационной и химической разведки.
Боевым крещением для БТР-40 стали события в Венгрии в 1956 году. После них появилась еще одна модификация — БТР-40Б, имевшая сварной корпус с бронированной крышей. Для посадки и высадки десанта в крыше имелись два больших люка, закрывавшиеся крышками. Высота корпуса увеличилась на 130 мм. Были демонтированы бортовые кронштейны для установки пулемета и введены две дополнительные амбразуры в наклонных листах крыши. Благодаря появлению крыши повысилась живучесть бронетранспортера, особенно при ведении уличных боев. Однако число мест для десанта пришлось сократить до шести. Пулемет СГМБ устанавливался на лобовом или кормовом вертлюжном кронштейне. Стрельбу из пулемета можно было вести только при открытом люке. Горизонтальный сектор обстрела из пулемета, установленного на кронштейне, не превышал ±50° от продольной оси машины.
Примерно в то же время появилась и модификация БТР-40В, оснащенная централизованной системой регулирования давления воздуха в шинах. Система подкачки включала компрессор, установленный на двигателе, ресивер, распределительный кран и несколько трубопроводов. К каждому колесу снаружи через ступицу подводился воздух. Используя эту же систему, производилось снижение давления в шинах с целью улучшения проходимости бронетранспортера. Введение системы регулирования давления воздуха в шинах повысило проходимость машины и пулестойкость колес. Однако наружный подвод воздуха имел низкую надежность в особенности при движении по лесистой местности. На вооружение БТР-40В не принимался и в серийном производстве не состоял.