В условиях распада государства и гражданской войны Новгород нашел в себе силы для самоорганизации и начал восстанавливать, казалось бы, давно забытые республиканские порядки. Говоря о реставрации республиканских порядков, исследователи, прежде всего, обращают внимание на институт пятиконецких старост. Их деятельность в это время заметно активизируется. В 1614 г. в ответ на требования Густава Адольфа принести присягу Шведской короне по предложению воеводы они провели в Новгороде своего рода референдум. Старосты прошли по улицам и задали жителям один вопрос: хотят ли они целовать крест Густаву Адольфу или хотят сохранить верность Карлу Филиппу. Естественно, что на сформулированный таким образом вопрос новгородцы ответили, что они хотят остаться верными прежней присяге. После этого Исидор и Одоевский просили короля не принуждать новгородцев к присяге, поскольку они «по своему крестному целованью» держатся Карла Филиппа и хотят ему верно служить. Важным моментом в истории Новгорода периода Смуты было также возрождение вечевых традиций в форме вечевых собраний. Так в одном из шведских источников говорится о присутствии Делагарди на тинге в Новгороде.
От имени новгородских сословий был заключен договор 1611 года. Тогда «утвержденную запись» дали «Исидор митрополит и архимариты (так в документе. — Г. К.), и игумены, и дети боярские, и гости, и пятиконецкие старосты, и всякие торговые и жилецкие люди». Декабрьский приговор о посольстве в Швецию также был составлен при участии дворян, дьяков, детей боярских, голов казачьих и стрелецких, пятиконецких старост и посадских людей, приложивших к нему свои руки. Можно предположить, что все они принимали участие в обсуждении приговора. В дальнейшем многие важнейшие вопросы решались с участием дьяков, дворян, гостей, пятиконецких старост и всяких чинов людей.
Несмотря на всю сложность ситуации, Новгород в Смуту в известном смысле был островком относительной стабильности, основным фактором и в то же время признаком которой была четкая работа административного аппарата и его служб — приказной избы, таможни, судной избы, монетного двора, кабаков, общественной бани. Была даже ферма по разведению лебедей. Шведская исследовательница Хагар Сюндберг считает, что «эффективная гражданская администрация действовала до конца оккупации. Сделки и купчие составлялись профессиональными городскими подьячими, приходо-расходные книги велись в различных учреждениях, и толковые дьяки продолжали работать в приказах».
Отношения новгородцев со шведами складывались не просто. Сохранились многочисленные челобитные, в которых горожане жаловались на плохое обращение шведских солдат, крестьяне — на высокие налоги и конфискации; требовали компенсацию за поврежденную или утраченную собственность. Были конфликты со шведами и на бытовой почве, хотя источники фиксируют их крайне редко. Известно, например, что в кабаке на Рогатице шведские солдаты разбили кувшин о голову целовальника. А вот конфликты на религиозной почве не зафиксированы вообще.
Известно, что в годы оккупации многие представители новгородской элиты служили шведским властям или сотрудничали с ними. Как отметил современный шведский исследователь Александр Пересветов-Мурат, «решение служить шведам могло быть вызвано несколькими мотивами: принуждение, оппортунизм и самая простая алчность, но также и убеждение… Вопрос этот очень сложный ввиду того, что в дискуссии слишком легко исходить из поздних постромантических концепций о родине и национальности и из представлений о старой Руси как об исконно однородном государстве с закономерной «конечной станцией» — Москвой. К этому надо добавить трудность четко различать службу Новгородскому государству при шведском режиме и службу шведскому королю. Шведские военачальники уговаривали влиятельных новгородцев перейти невидимую грань между той и другой». Отметим, что таких были считаные единицы (Федор Аминов, Никита Калитин, Михаил Клементьев, Мурат Пересветов).
Служивших шведам или сотрудничавших с ними новгородцев часто характеризуют как предателей или, в лучшем случае, «шведскую партию». Между тем это была скорее партия порядка или партия власти. До тех пор, пока шведские власти в Новгороде не перешли к политике присоединения Новгородских земель к Шведской короне, их интересы совпадали. Поэтому на этом этапе сотрудничество со шведами вряд ли можно поставить им в вину. За исключением нескольких человек, перешедших на шведскую службу, никто из них не присягнул шведской короне.