23 марта архиеп. Дамаскин с помощью известного греческого поэта Ангелоса Сикилианоса передал греческому премьер-министру Константиносу Логофетопоулосу и имперскому уполномоченному Г. Альтенбургу послание, в котором писал: «Греческая Православная Церковь и греческий академический мир протестует против этих гонений… Греческий народ был глубоко опечален известием, что немецкие оккупационные власти принялись исполнять программу постепенной депортации греческих еврейских общин… и что уже первая партия депортированных была отправлена в Польшу… Для нашего национального сознания все дети Матери Греции пребывают в нерасторгаемом союзе: они все равные члены нашего национального тела вне зависимости от их религии… Наша святая вера не признает различий, превосходства или недостоинства, основанных на национальных или религиозных признаках, придерживаясь учения, что пред Богом «нет ни эллина ни иудея», таким образом осуждая любые попытки дискриминировать людей по религиозным или национальным различиям… Если, тем не менее, они [немцы] будут требовать депортации, мы верим, что правительство, как носитель сохранившейся в стране власти, должно совершенно бескомпромиссно проявить свое отрицательное отношение к этому и предоставить иностранцам нести полную ответственность за очевидную несправедливость. Пусть никто не забудет, что все поступки, совершенные в это трудное время, даже лежащие за пределами нашей воли и власти, когда-то будут судимы всеми народами и подвергнутся историческим расследованиям. Если во имя нации лидеры побоятся смело выразить протест против оскорбляющей наше национальное единство и честь, жестокой депортации греческих евреев, тогда это молчание вождей ляжет тяжелым грузом на совесть нации»130
.Под обращением архиепископа подписались ректоры университетов, писатели, профессора, ученые – почти весь цвет греческой интеллигенции. Это письмо привело Й. Струпа в ярость, и он пригрозил архиеп. Дамаскину расстрелом, на что Владыка, имея в виду пример мученической кончины Константинопольского Патриарха Григория V, произнес: «Греческих религиозных лидеров не расстреливают, их вешают. Я прошу уважать эту традицию». Такой смелый ответ заставил Струпа оставить Владыку в покое. Следует упомянуть также, что архиеп. Дамаскин предоставил свой, пользующийся неприкосновенностью, автомобиль главному раввину Барзилаю, чтобы переправить его к партизанам. Таким образом, Элладская Церковь в целом активно препятствовала холокосту131
.В сентябре 1943 г. греческое оккупационное правительство во главе с премьер-министром Иоаннисом Раллисом приняло закон о новом уставе Элладской Церкви (одобренный после войны в 1946 г.). В отличие от прежнего устава 1931 г. независимость Церкви от государства несколько увеличилась. Государственный комиссар должен был присутствовать на заседаниях Священного Синода из 12 иерархов без права голоса, в случае его несогласия решение все равно принималось. Кроме того, выборы новых епископов в основном становились делом самой Церкви, Министерство церковных дел лишь отбирало трех претендентов для хиротонии из присланного Синодом списка кандидатов. Правда, выборы главы Церкви – архиепископа Афинского Архиерейским Собором должны были проходить в присутствии министра, который мог возразить против избрания нежелательной для него кандидатуры. Служащие Священного Синода и митрополичьих бюро считались государственными служащими, они назначались и увольнялись Министерством церковных дел по предложению Синода. Назначение всех отправляемых служить за границу клириков также согласовывалось с министерством132
.Еще 10 ноября 1942 г. германское руководство указало немецким оккупационным властям в Афинах, что их политика по отношению к Элладской Церкви должна проводиться по согласованию с местной службой полиции безопасности (занимавшей гораздо более жесткую позицию)133
. Тем не менее ухудшение отношений между архиеп. Дамаскином и немецкими властями в Греции началось только через год – в конце 1943 г. С апреля 1944 г. немецкие оккупационные силы фактически вели себя по отношению к руководству Элладской Церкви, и особенно к ее Первоиерарху, так же предвзято, как к архиереям Сербской Церкви. Это дало возможность руководству Элладской Церкви в ходе и после освобождения страны позиционировать себя в качестве участника движения сопротивления оккупационному режиму.