Всё началось как будто с безобидного. Степуну, по случаю, прислали только что вышедшую в Германии книгу Освальда Шпенглера «Закат Европы». Книга произвела на него впечатление, и он захотел о ней рассказать. Сначала были его устные выступления, а потом в московском издательстве «Берег», опять же по инициативе Степуна, выходит вполне культуртрегерский и просветительский сборник «Освальд Шпенглер и закат Европы». Заглавную статью сборника и написал Фёдор Степун. Другие авторы – Н. Бердяев, С. Франк, Я. Букшпан. Задача ставилась вполне благонамеренная – ввести читателя в мир идей Шпенглера. Но Ленин вдруг увидел в сборнике «литературное прикрытие белогвардейской организации». Понятное дело, что Ленину нужен был повод, и повод этот дал ему Степун. 15 мая 1922-го года, всего через два месяца после выхода сборника, в Уголовный кодекс по предложению вождя вносится положение о «высылке за границу». Так родилась и оформилась мысль об изгнании российской духовной элиты. И начался новый акт драмы русской интеллигенции. Взвесив всё это, Зинаида Гиппиус ввела в оборот мрачную присказку: «Степун тебе на язык!».
Тут же, 10 августа 1922-го года, вышло «Постановление Политбюро ЦК РКП(б) об утверждении списка высылаемых из России интеллигентов». Степун, попавший в дополнительный список литераторов, характеризовался в нём следующим образом: «7. Степун Фёдор Августович. Философ, мистически и эсеровски настроенный. В дни керенщины был нашим ярым, активным врагом, работая в газете правых с[оциалистов]-р[еволюционеров] “Воля народа”. Керенский это отличал и сделал его своим политическим секретарём. Сейчас живёт под Москвой в трудовой интеллигентской коммуне. За границей он чувствовал бы себя очень хорошо и в среде нашей эмиграции может оказаться очень вредным… Сотрудник издательства “Берег”. Характеристика дана литературной комиссией. Тов. Середа за высылку. Тт. Богданов и Семашко против».
Степун Ф. А. Из эссе «О свободе»: «Одного из последних русских эмигрантов спросили о его политической программе, он ответил, что, в конце концов, она сводится к одному пункту, к требованию “права на молчание”. Помимо своего внешнего смысла, который в первую очередь, конечно, и хотел подчеркнуть замученный, советский человек: “молчит – значит, контра, диверсант, троцкист”, это требование таит и другую, более глубокую мысль. История мистики полна свидетельств о том, что бытийственный корень личности таится в недоступной слову глубине молчания. Посягательство на свободу молчания означает, потому, топор под самые корни человеческого я. Вряд ли будет устойчив государственный порядок, при котором, в период острых кризисов, гражданам разрешалась бы свобода слова вплоть до проповеди революционного низвержения власти; но запрет молчания представляет собою явление совершенно особого, и в истории человечества до некоторой степени нового порядка. В нём с одинаковою силою сказывается и метафизический характер большевизма, и изуверство его метафизики, в корне отрицающей личность и свободу».
После высылки из России живёт преимущественно в Германии. Становится одной из самых заметных фигур культурной жизни русской диаспоры. По его инициативе и при его участии выходили лучшие журналы европейской эмиграции «Современные записки» и «Новый Град». В 1926 году получил место профессора социологии в Дрезденском техническом университете. Выступает с публичными лекциями в разных городах Германии, Швейцарии и Франции. Возглавляет «Общество имени Вл. Соловьева» в Дрездене, ставшее одним из центров духовной жизни всей русских изгнанников в Европе.
В 1937-ом году нацисты лишили его права преподавать – «за жидофильство и русофильство». Но даже и в этом Степун видит перст Божий. Он пишет друзьям: «Мы живём хорошею и внутренне сосредоточенною жизнью. Приезжавший к нам отец Иоанн Шаховской упорно подсказывал мне мысль, что это Бог послал мне времена тишины и молчания, дабы обременить меня долгом высказать то, что мне высказать надлежит, и не разбрасываться по всем направлениям в лекциях и статьях… Я затеял большую и очень сложную работу литературного порядка и очень счастлив, что живу сейчас в своём прошлом и скорее в искусстве, чем в науке». Так появилась двухтомная книга его мемуаров «Бывшее и несбывшееся». Записи эти стали выдающимся памятником русской культуры XX века.
Во время Великой Отечественной войны Степун занимает патриотическую позицию. «Кроме литовской и немецкой крови, – пишет он, – есть во мне ещё и французская, и шведофинская. В моём субъективном ощущении это этническое богатство ни в малейшей степени не умаляет моей русскости, которой я обязан длительной жизни в деревне».