Между тем, в феврале 1921-го года резко осложнилась обстановка в университете. Новый устав вузов, принятый Наркомпросом, низкие ставки профессоров, необеспеченность лабораторий приборами – всё это вызвало волну профессорских забастовок в московских вузах. Организатором забастовки в МГУ выступил именно Стратонов. В его автобиографических записках, которые ныне хранятся в фондах Дома русского зарубежья им. Солженицина есть и об этом: «В середине января 1922 г., на ближайшем заседании физико-математического факультета, которые происходили по средам, математики внесли предложение: – Объявить забастовку! Положение – ужасно непривычное. Прекратить по своей воле самое дорогое для профессора дело его жизни… Но мотивы – слишком веские! Математики полагали, что только подобной демонстрацией можно привлечь внимание на бедственное положение, в которое коммунистическая власть поставила учёных. Суждения факультета шли при очень серьёзном настроении. Сознавалась вся тяжесть и ответственность предпринимаемого шага… Наконец, я поставил на голосование: – Объявлять забастовку или нет? Забастовка была принята почти единогласно…». И прошла она как будто успешно – Стратонов принят заместителем председателя Совнаркома Цюрупой, вопросы по улучшению условий труда и быта учёных решены.
Тем не менее, в октябре 1922-го года Стратонов был включён в число тех, кто подлежал высылке из Советского союза «за их контрреволюционные взгляды». Из астрономов Стратонов был выслан один. Профессор-астрофизик большевикам теперь явно антипатичен: «Стратонов Всеволод Викторович. Профессор. Астроном, 49 лет, проживает по Поварской улице, Трубниковский пер., д. 26, кв. 21. Был чиновником особых поручений при наместнике Кавказа и редактором официальной черносотенной газеты. Один из главарей и руководителей февральской (1922 г.) забастовки в университете. При приёме студентов проводил буржуазию и белогвардейцев. Определённый антисемит. Одно время работал консультантом в академическом центре и считался своим, на самом деле является злостным противником Соввласти. Как научная величина ценности собой не представляет. Произвести обыск, арест и выслать за границу. Комиссия с участием тт. Богданова, Середы, Хинчука и Лихачёва высказалась за высылку. Главпрофобр за высылку».
Из записок В. В. Стратонова «Потеря Московским университетом свободы» (воспоминания о забастовке 1922 г.): «Отдохнув душою на пароходе, после пережитых испытаний, мы поблагодарили любезного капитана за отношение к изгнанникам адресом, в котором было сказано: – “Потерпев житейское крушение на материке, в Москве, мы нашли, наконец, тихую пристань среди волн Балтийского моря, на вашем пароходе. Мы лично нашли тихую пристань, хотя её и не искали. И возвращение на родину для нас закрыто, под угрозою расстрела”. А Московский университет стал ареной для сведения дальнейших счётов и с профессурой, и с несчастным студенчеством. Луначарский и Покровский добивали высшую школу беспрепятственно. О тяжких днях Московского университета, наставших после потери им свободы, расскажут их пережившие, когда получат свободу слова. Мы были уже в Берлине, когда получилось известие, что относительно двух из высланных профессоров – В. И. Ясинского и автора – Политбюро решило изменить меру наказания, заменив высылку за границу ссылкой не то в Якутскую губернию, не то в Туруханский край. Однако благодаря канцелярской волоките, запоздали…».
Вначале – Берлин и активное участие в организации Русского научного института. Нужно было помочь детям русских эмигрантов продолжить образование, а русским учёным – остаться в науке.
В 1923 году В. Стратонов переезжает с семьёй в Прагу. Президент Масарик решил тогда приспособить российскую научную эмиграцию к нуждам республики. Личное предложение от него получил и русский астрофизик Всеволод Стратонов. Он активно занимается чтением лекций по астрономии во многих городах Чехословакии, кроме того, в Литве, Латвии и Эстонии, сотрудничает с Русским национальным университетом в Праге. Некоторое время исполняет даже должность консультанта в дирекции крупного чешского банка. Можно посмотреть на него тогдашнего глазами профессора-историка Кизеветтера, собрата по изгнанию и пассажира того же философского парохода. Его письмо хранится в том же Доме Солженицина: «Стратоновы так и зазимовали в Збраслове, в Праге не могли найти квартиры. Недавно я видел его на собрании преподавателей Народного университета. Он с большим успехом совершил лекционную поездку в провинцию и собирается и впредь продолжать в том же направлении».
О последних годах его работы можно узнать уже из некрологов, которых много было напечатано в эмигрантской прессе. Он, кроме всего прочего, продолжает заниматься обработкой результатов своих наблюдений, которые были выполнены ещё в Ташкенте. Готовит к печати материалы своих лекций по общей астрономии. Ему шестьдесят девять лет.